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- PDB-4pep: THE MOLECULAR AND CRYSTAL STRUCTURES OF MONOCLINIC PORCINE PEPSIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pep
タイトルTHE MOLECULAR AND CRYSTAL STRUCTURES OF MONOCLINIC PORCINE PEPSIN REFINED AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PEPSIN
キーワードHYDROLASE (ACID PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


Surfactant metabolism / pepsin A / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Andreeva, N. / Fedorov, A.A. / Sielecki, A. / James, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Molecular and crystal structures of monoclinic porcine pepsin refined at 1.8 A resolution.
著者: Sielecki, A.R. / Fedorov, A.A. / Boodhoo, A. / Andreeva, N.S. / James, M.N.
履歴
登録1989年12月18日処理サイト: BNL
置き換え1990年4月15日ID: 1PEP
改定 1.01990年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET THE SHEET IDENTIFIED AS *I* BY THE DEPOSITORS CONTAINS A BIFURCATED STRAND. THIS IS ...SHEET THE SHEET IDENTIFIED AS *I* BY THE DEPOSITORS CONTAINS A BIFURCATED STRAND. THIS IS REPRESENTED BY DEFINING THE SHEET TWICE ON *SHEET* RECORDS BELOW. THUS SHEETS *IA* *IB* DIFFER ONLY IN STRAND 6.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5941
ポリマ－34,5941
非ポリマー00
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.830, 36.440, 73.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 23 IS A CIS PROLINE.
2: AS DETAILED IN THE REFERENCE CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE, THE FOLLOWING LOOPS ARE POORLY DETERMINED IN THE STRUCTURE PRESENTED IN THIS ENTRY (B FACTORS .GT. 40A**2) -ASP 200 - THR 203 SER ...2: AS DETAILED IN THE REFERENCE CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE, THE FOLLOWING LOOPS ARE POORLY DETERMINED IN THE STRUCTURE PRESENTED IN THIS ENTRY (B FACTORS .GT. 40A**2) -ASP 200 - THR 203 SER 241 - GLY 243 SER 250 - ASP 253 GLN 277 - SER 281 ASP 290 - GLU 297 IN ADDITION, THE SIDE CHAINS OF RESIDUES LEU 166 AND GLU 244 - ILE 247 HAVE POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY AND/OR COULD HAVE MORE THAN ONE POSSIBLE CONFORMATION.

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要素

#1: タンパク質 PEPSIN


分子量: 34594.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00791, pepsin A
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 2 / 手法: other / 詳細: pH is adjusted to 2.0 with 1M H2SO4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlpepsin11
220 %(v/v)ethanol11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 23897 / Num. measured all: 90730 / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 3
詳細: 187 SOLVENTS ARE INCLUDED IN THIS ENTRY (HOH 328 TO 514). THOSE WITH LOWER RESIDUE NUMBERS (LOWER B FACTORS, HIGHER OCCUPANCIES) ARE MORE RELIABLE THAN THOSE LOCATED TOWARDS THE END OF THE ...詳細: 187 SOLVENTS ARE INCLUDED IN THIS ENTRY (HOH 328 TO 514). THOSE WITH LOWER RESIDUE NUMBERS (LOWER B FACTORS, HIGHER OCCUPANCIES) ARE MORE RELIABLE THAN THOSE LOCATED TOWARDS THE END OF THE LIST (HIGHER B FACTORS, LOWER OCCUPANCIES).
Rfactor反射数
all0.189 23567
obs0.174 20519
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 0 187 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.024
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0480.048
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.048
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.31.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.12
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.92.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it63
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.014
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1840.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.240.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1920.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.215
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.76
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 20519 / Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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