[日本語] English
万見
- PDB-4pdy: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase from Alicy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pdy
タイトルCrystal structure of aminoglycoside phosphotransferase from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
要素Aminoglycoside phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / aminoglycoside phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


endospore-forming forespore / transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / THIOCYANATE ION / Aminoglycoside phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Chang, C. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
著者: Chang, C. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,27110
ポリマ－40,6501
非ポリマー6219
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.522, 51.955, 145.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside phosphotransferase


分子量: 40649.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_0449 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C8WS74
#2: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.66 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.5M potassium thiocyanate, 1.0M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月18日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 63763 / Num. obs: 63586 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.7 / Net I/av σ(I): 38.776 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 436171
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.35-1.364.50.53515330.85296.5
1.36-1.374.80.55915100.88598.1
1.37-1.395.40.53215800.8499.3
1.39-1.45.90.52415750.887100
1.4-1.416.20.52215200.844100
1.41-1.436.60.45116130.831100
1.43-1.447.10.43615720.844100
1.44-1.457.10.40915670.854100
1.45-1.477.10.35715480.86100
1.47-1.497.10.34115910.896100
1.49-1.57.10.31915730.903100
1.5-1.527.20.27315800.954100
1.52-1.547.20.26315440.979100
1.54-1.567.20.22816040.985100
1.56-1.587.20.21915741.014100
1.58-1.67.20.20615701.051100
1.6-1.627.20.18515991.094100
1.62-1.657.20.17515521.112100
1.65-1.677.20.1615761.153100
1.67-1.77.20.14715811.212100
1.7-1.737.20.1415861.254100
1.73-1.767.20.13215671.31100
1.76-1.87.20.11716041.397100
1.8-1.837.20.11115651.502100
1.83-1.877.20.09916071.518100
1.87-1.927.20.09415671.691100
1.92-1.967.20.08716021.775100
1.96-2.027.20.07915851.893100
2.02-2.087.20.07216121.978100
2.08-2.147.20.06815662.159100
2.14-2.227.10.06716262.366100
2.22-2.317.10.06615882.641100
2.31-2.417.10.06615992.901100
2.41-2.547.10.06816263.252100
2.54-2.770.06416233.33100
2.7-2.9170.05816333.333100
2.91-3.26.80.0516263.083100
3.2-3.666.60.04216443.06999.8
3.66-4.626.70.03916753.27499.7
4.62-506.30.04517234.01895.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.261 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.056
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1736 3220 5.1 %RANDOM
Rwork0.1309 60268 --
obs0.133 63488 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.71 Å2 / Biso mean: 17.878 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2---1.86 Å2-0 Å2
3---2.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2702 0 24 360 3086
Biso mean--22.77 31.87 -
残基数----333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.9284064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7836267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0125367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16322.229166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52615462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4451537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02817
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.43735735
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.717583
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.3255928
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 254 -
Rwork0.23 4215 -
all-4469 -
obs--95.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る