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- PDB-4m94: d(ATCCGTTATAACGGAT) complexed with Moloney Murine Leukemia virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m94
タイトルd(ATCCGTTATAACGGAT) complexed with Moloney Murine Leukemia virus reverse transcriptase catalytic fragment
要素
  • 5' d(ATCCGttA) 3'
  • 5' d(TAACGGAT) 3'
  • Gag-Pol polyprotein
キーワードTRANSFERASE/DNA / Protein-DNA complex / Reverse transcriptase / DNA binding / Spore photoproduct / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus isolate Shinnick (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Singh, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The structure of an authentic spore photoproduct lesion in DNA suggests a basis for recognition.
著者: Singh, I. / Lian, Y. / Li, L. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2013年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 2.02019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_poly / ndb_struct_conf_na ...entity_poly / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 3.02022年6月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag-Pol polyprotein
B: 5' d(ATCCGttA) 3'
G: 5' d(TAACGGAT) 3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4507
ポリマ－34,2023
非ポリマー2484
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.957, 145.722, 46.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Gag-Pol polyprotein / Pr180gag-pol / Matrix protein p15 / MA / RNA-binding phosphoprotein p12 / pp12 / Capsid protein p30 ...Pr180gag-pol / Matrix protein p15 / MA / RNA-binding phosphoprotein p12 / pp12 / Capsid protein p30 / CA / Nucleocapsid protein p10 / NC-pol / Protease p14 / PR / Reverse transcriptase/ribonuclease H p80 / RT / Integrase p46 / IN


分子量: 29347.754 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 683-937 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus isolate Shinnick (ウイルス)
遺伝子: gag-pol, reverse transcriptase / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03355, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
#2: DNA鎖 5' d(ATCCGttA) 3'


分子量: 2403.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5' d(TAACGGAT) 3'


分子量: 2450.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7% PEG 4000, 5mM Magnesium acetate, 50mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→33.73 Å / Num. all: 21193 / Num. obs: 19858 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 19.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
APEXデータ収集
SAINTデータ削減
XPREPデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→33.73 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 398 2.08 %
Rwork0.201 --
obs0.202 19139 90.6 %
all-21193 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.61 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5493 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.3218 Å2-0 Å2
3----6.8957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→33.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2019 325 16 148 2508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.073382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.003952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.44960.23971030.19735189X-RAY DIFFRACTION77
2.4496-3.08590.24031520.19816521X-RAY DIFFRACTION96
3.0859-33.73480.23671430.20177031X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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