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- PDB-4m9e: Structure of Klf4 zinc finger DNA binding domain in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m9e
タイトルStructure of Klf4 zinc finger DNA binding domain in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*(5CM)P*GP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*C)-3')
  • Krueppel-like factor 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA methylation / transcription factor / cellular reprogramming / C2H2 Zinc finger / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / regulation of blastocyst development / cellular response to cycloheximide / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / post-embryonic camera-type eye development / glandular epithelial cell differentiation / epidermal cell differentiation ...negative regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / regulation of blastocyst development / cellular response to cycloheximide / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / post-embryonic camera-type eye development / glandular epithelial cell differentiation / epidermal cell differentiation / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / epidermis morphogenesis / cellular response to peptide / regulation of axon regeneration / cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of interleukin-8 production / post-embryonic hemopoiesis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / defense response to tumor cell / stem cell population maintenance / lncRNA binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / positive regulation of telomere maintenance / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / epidermis development / establishment of skin barrier / canonical Wnt signaling pathway / response to retinoic acid / cellular response to retinoic acid / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to leukemia inhibitory factor / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / cellular response to growth factor stimulus / beta-catenin binding / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / cellular response to hydrogen peroxide / histone deacetylase binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell population proliferation / microtubule cytoskeleton / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / Krueppel-like factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Liu, Y. / Olanrewaju, Y.O. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for Klf4 recognition of methylated DNA.
著者: Liu, Y. / Olanrewaju, Y.O. / Zheng, Y. / Hashimoto, H. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2013年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Krueppel-like factor 4
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*(5CM)P*GP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8968
ポリマ－16,5493
非ポリマー3475
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.705, 48.705, 131.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Krueppel-like factor 4 / Epithelial zinc finger protein EZF / Gut-enriched krueppel-like factor


分子量: 10428.806 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 396-483 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klf4, Ezf, Gklf, Zie / プラスミド: pXC1248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60793

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*(5CM)P*GP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3140.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 2979.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis

-
非ポリマー , 4種, 139分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.25M NaCl and 20% polyethylene glycol 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月3日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal - liqued nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→70 Å / Num. obs: 13918 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1103 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WBU

2wbu


解像度: 1.851→34.44 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 689 4.98 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1889 13843 97.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→34.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数694 406 13 134 1247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3131753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.221512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005147
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.851-1.99390.27681360.23452296229689
1.9939-2.19460.24771330.197826382638100
2.1946-2.5120.22971460.19426512651100
2.512-3.16450.30471430.209426972697100
3.1645-34.44560.18731310.16482872287299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.3137 Å / Origin y: 72.266 Å / Origin z: 141.9154 Å
111213212223313233
T0.123 Å2-0.0184 Å20.0158 Å2-0.1368 Å20.0155 Å2--0.0927 Å2
L1.5052 °2-0.8003 °2-0.2145 °2-1.6636 °20.7061 °2--1.1247 °2
S0.0111 Å °0.0839 Å °0.0685 Å °0.0487 Å °0.0233 Å °-0.0075 Å °0.0555 Å °-0.1108 Å °-0.0315 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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