PDB-4pcp: Crystal structure of Phosphotriesterase variant R0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pcp

タイトル

Crystal structure of Phosphotriesterase variant R0

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R0

キーワード

HYDROLASE / Phosphotriesterase / arylesterase / evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: The role of protein dynamics in the evolution of new enzyme function.
著者: Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Correy, G.J. / Carr, P.D. / Porebski, B.T. / Livingstone, E.K. / Afriat-Jurnou, L. / Buckle, A.M. / Weik, M. / Hollfelder, F. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2014年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pcp.cif.gz	155.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pcp.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pcp_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pcp_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	4pcp_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	4pcp_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pbeC 4pbfC 4pcnC 4xafC 4xagC 4xayC 4xazC 4xd3C 4xd4C 4xd5C 4xd6C 4gy0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fev-d 4xay-d 6gbk-d 5vej-2 4xaf-d 6fu6-d 3tnb-d 6g0m-1 4pcn-d 4xd6-d 2d2h-1 4wvx-d 4g2d-1 2ob3-d 1dpm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R0

G: Phosphotriesterase variant PTE-R0

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.141, 86.325, 88.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-2542- HOH

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R0 分子量: 36056.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS1, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM cacodylate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→43.2 Å / Num. obs: 83078 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 13.19
反射シェル	解像度: 1.63→1.68 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. measured obs: 8191 / CC_1/2: 0.83 / % possible all: 99.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GY0

4gy0

解像度: 1.63→43.163 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	4159	5.01 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1809	83054	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→43.163 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5028	0	14	383	5425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.181	7580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.237	2051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	877
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.6485	0.316	119	0.264	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6485-1.6679	0.3202	127	0.2531	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6679-1.6883	0.2684	130	0.2397	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6883-1.7096	0.2658	140	0.2326	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7096-1.7321	0.2915	144	0.2288	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7321-1.7559	0.2827	154	0.2233	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7559-1.7809	0.2832	119	0.2201	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7809-1.8075	0.262	123	0.2183	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8075-1.8358	0.2853	135	0.2146	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8358-1.8659	0.2955	156	0.2044	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8659-1.898	0.2461	133	0.2062	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.9326	0.236	135	0.2015	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9326-1.9697	0.247	149	0.2099	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0099	0.2604	143	0.2021	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0099-2.0536	0.2398	123	0.1938	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0536-2.1014	0.2301	128	0.1953	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1014-2.154	0.2571	140	0.1901	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.2122	0.2156	136	0.1901	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2122-2.2773	0.2188	147	0.1901	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2773-2.3508	0.2422	135	0.1811	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3508-2.4348	0.2025	149	0.1784	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4348-2.5323	0.1997	137	0.179	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5323-2.6475	0.2133	133	0.1796	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6475-2.7871	0.2261	146	0.1751	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7871-2.9616	0.2019	160	0.1702	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9616-3.1903	0.2337	149	0.1689	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1903-3.5112	0.2076	153	0.1628	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5112-4.0189	0.1725	140	0.1468	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0189-5.0622	0.1809	123	0.138	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0622-43.1776	0.1771	153	0.1666	2826	X-RAY DIFFRACTION	99

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