PDB-4pc6: Elongation factor Tu:Ts complex with bound GDPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pc6

タイトル

Elongation factor Tu:Ts complex with bound GDPNP

要素

Elongation factor Ts
Elongation factor Tu

キーワード

TRANSLATION / G:GEF:nucleotide complex / Elongation factor / Protein synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 - #20 / Elongation factor Ts, dimerisation domain / Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Thirup, S.S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural outline of the detailed mechanism for elongation factor Ts-mediated guanine nucleotide exchange on elongation factor Tu.
著者: Thirup, S.S. / Van, L.B. / Nielsen, T.K. / Knudsen, C.R.

履歴

登録	2014年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pc6.cif.gz	514.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pc6.ent.gz	425.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pc6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pc6_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4pc6_validation.xml.gz	50.1 KB	表示
CIF形式データ	4pc6_validation.cif.gz	70.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pc6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pc1SC 4pc2C 4pc3C 4pc7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pc1-1 4pc2-1 4pc1-2 4pc3-2 4pc2-2 4pc3-1 1iyd-d 1iye-d 1i1m-d 1xmx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (23) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (13) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (13) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (23)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (13)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (13)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (6)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Elongation factor Tu

C: Elongation factor Ts

B: Elongation factor Tu

D: Elongation factor Ts

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Elongation factor Tu

C: Elongation factor Ts

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Elongation factor Tu

D: Elongation factor Ts

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.969, 107.467, 193.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Elongation factor Tu / EF-Tu 分子量: 43340.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / DH10B / 遺伝子: tufA, tuf, ECDH10B_3514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1X6I9, UniProt: A0A0M3KKV1*PLUS
#2: タンパク質	Elongation factor Ts / EF-Ts 分子量: 30332.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 33849 / DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: tsf, EcDH1_3433, ECDH1ME8569_0163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QRL8, UniProt: A0A0M3KKV2*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES, 18% PEG 6000, 5% glycerol, 152mM NH4CH3COO, 0.5mM GDPNP, 0.5mM pulvomycin, 5mM EDTA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 292 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.6 Å / Num. obs: 79003 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.0103 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1702) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PC1

4pc1

解像度: 2.2→29.542 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2231	3250	4.12 %	random
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	78958	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9802	0	88	468	10358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10069
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.809	13599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.843	3781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2328	0.303	121	0.2616	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2328-2.2677	0.2677	110	0.2464	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.3049	0.2612	117	0.2343	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3049-2.3446	0.2516	105	0.2281	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3446-2.3872	0.2524	138	0.2209	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3872-2.4331	0.2924	139	0.2235	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4331-2.4827	0.2782	155	0.2131	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4827-2.5367	0.2438	165	0.2055	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5367-2.5957	0.2664	166	0.2044	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5957-2.6606	0.265	180	0.1996	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6606-2.7324	0.232	157	0.1942	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7324-2.8128	0.2484	186	0.1941	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8128-2.9035	0.2762	151	0.1888	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9035-3.0072	0.274	157	0.1847	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0072-3.1274	0.242	155	0.1816	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1274-3.2696	0.2124	189	0.1645	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2696-3.4417	0.211	199	0.1529	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4417-3.657	0.228	155	0.154	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.657-3.9388	0.2067	139	0.1518	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9388-4.334	0.1783	96	0.1437	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
4.334-4.9586	0.1352	79	0.1349	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9586-6.2377	0.1934	98	0.1644	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2377-29.5444	0.1651	93	0.1457	3587	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.596	0.601	0.7979	5.531	1.4172	3.9566	-0.2529	-0.2435	0.5399	0.0886	0.2863	-0.1188	-0.4823	0.0677	-0.038	0.4323	0.012	-0.0106	0.2931	-0.0422	0.3571	14.3425	60.0198	72.7712
2	1.7467	0.5091	0.1402	2.3379	1.2862	3.0742	-0.0711	-0.4843	0.2581	0.1431	-0.0665	0.0383	-0.1291	-0.0609	0.1177	0.264	0.0848	-0.0347	0.4309	-0.0801	0.3224	28.2056	36.5779	94.081
3	3.6797	0.0752	-0.8814	2.1363	0.8958	2.0688	0.0392	-0.1196	-0.1186	0.3035	0.092	-0.0708	-0.4866	-1.0204	-0.1167	0.6544	0.1142	-0.1374	0.7709	0.1911	0.5863	-7.0624	60.2641	57.0536
4	9.1532	-2.0645	-3.4844	0.6023	1.298	3.9109	0.082	0.3501	0.4862	-0.3022	0.0783	0.4483	0.0736	-0.7587	-0.2338	0.5851	-0.071	-0.0704	0.5782	0.2667	0.5187	-0.3822	53.8609	48.45
5	1.6449	-0.0576	0.5573	5.1326	0.1643	1.656	-0.0969	0.254	0.0663	-0.0687	0.1797	0.0165	-0.1476	-0.1024	-0.0853	0.1917	-0.0586	0.0267	0.3232	0.0413	0.2496	7.5782	32.2984	54.9293
6	8.1054	-0.1728	-2.2143	2.1715	0.1105	2.6274	0.0018	0.4963	-0.3412	-0.3371	-0.093	-0.1962	0.2003	0.0653	0.1263	0.3659	0.0582	-0.0015	0.289	-0.0437	0.2809	31.0084	16.1223	53.8592
7	6.7706	-2.081	2.5337	6.6497	-3.5828	2.3628	0.3619	0.3827	-0.4472	-0.4797	-0.2738	-0.1269	0.7787	0.2336	-0.1033	0.5435	0.0213	-0.0024	0.6205	-0.1069	0.3691	42.6231	11.4918	53.0573
8	4.0351	0.0313	0.5574	4.8836	-0.3412	3.7641	0.1762	0.1943	-0.6433	0.162	-0.1064	-0.1491	0.7092	0.0797	-0.0579	0.2794	-0.0586	-0.0393	0.2277	-0.0341	0.3151	20.7664	12.0713	61.6828
9	1.13	2.0424	1.8327	3.7679	3.4454	3.1211	-0.2715	0.1044	0.1206	-1.2084	0.8732	-1.165	-0.6693	0.6757	-0.6205	0.4815	-0.1947	0.2267	0.5304	-0.1928	0.655	26.0797	49.7959	59.7632
10	2.8504	0.0783	0.2718	5.406	1.8302	2.2882	0.0052	0.1427	-0.1743	0.0663	0.0393	0.8365	0.2487	-0.5457	0.0129	0.5297	-0.161	-0.0603	0.3614	0.0536	0.6209	39.2243	-16.2942	76.75
11	4.1983	1.5895	-0.7514	4.6738	-1.1894	2.9706	0.0215	-0.2143	-0.6113	0.0877	-0.0164	0.1618	0.4862	0.0256	-0.0224	0.5065	-0.0768	-0.0044	0.2866	0.0316	0.4436	50.4534	-17.4469	80.1501
12	1.8838	0.697	-1.6382	0.749	0.7465	5.1175	-0.5931	-0.1038	-0.6517	0.6945	0.5081	0.8388	0.2659	-0.5657	0.353	0.4792	0.0078	0.1463	0.7931	0.1733	0.5712	23.5825	-2.3672	99.3855
13	3.334	0.6601	-0.6543	3.1851	-0.7167	2.9336	0.0842	-0.741	-0.4004	0.513	-0.0864	0.1699	0.1629	-0.2826	0.1235	0.2982	-0.0644	0.0269	0.4579	0.0603	0.321	30.6949	8.3333	94.2259
14	7.9213	-5.0839	-1.1089	3.713	0.9176	4.1701	-0.3264	-0.4043	-1.225	-0.2848	0.2937	-0.5374	0.6494	1.1991	-0.0107	0.6745	0.2289	0.0346	0.6968	-0.0467	0.9916	73.6501	-21.9209	71.0461
15	9.8562	-4.7247	3.51	4.6972	-2.209	9.2899	0.4095	0.1967	-0.6421	-0.1288	-0.0574	-0.7827	0.7727	1.0616	-0.3655	0.571	0.0543	0.0408	0.4432	-0.1913	0.6305	72.234	-14.1694	61.8237
16	2.7973	0.4133	-1.0347	4.3057	-1.4381	1.9335	-0.112	0.0592	0.0182	0.1158	0.2189	-0.1793	-0.1237	0.1973	-0.1013	0.2249	-0.0482	-0.0053	0.2579	-0.0881	0.1789	63.1926	7.8066	66.6005
17	2.4144	-1.3698	-0.8409	7.2303	0.749	2.2481	-0.0505	0.1424	0.1621	-0.1987	0.1975	-0.4231	0.0035	0.2378	-0.1167	0.1694	-0.0714	-0.0311	0.3045	-0.0522	0.2085	62.772	10.7606	64.2384
18	3.6526	-0.8346	3.2726	7.1912	-1.3468	3.9736	0.0261	0.1795	0.5367	-0.1157	-0.0988	-0.1918	-0.0966	0.2548	0.2157	0.2201	-0.0299	0.0643	0.2994	-0.0251	0.3571	50.8867	27.129	64.5304
19	7.5796	1.6387	2.3487	6.1108	1.0757	1.6931	0.4748	0.5756	0.4359	-0.4082	-0.3354	0.3562	0.1253	-0.3301	-0.1041	0.5948	0.0963	0.015	0.6711	0.0818	0.4059	31.8882	27.9581	48.047
20	3.2334	-0.2786	0.1809	1.9316	0.1989	3.3489	-0.0011	0.0256	0.6111	0.0608	-0.032	0.1154	-0.637	-0.1451	0.018	0.3439	-0.0506	0.0291	0.2121	-0.0121	0.4093	49.1717	30.4357	66.7358
21	3.2863	4.5998	-3.2651	6.4906	-4.5973	3.2541	-0.5332	0.1176	0.316	-1.5992	0.9581	1.5446	0.7246	-0.8152	-0.3634	0.583	-0.2097	-0.2017	0.6015	0.1363	0.604	42.7444	-6.44	63.5098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 8:198)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 199:393)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resseq 1:32)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 33:53)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 54:161)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 162:207)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 208:225)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 226:259)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 260:282)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 8:66)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 67:198)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 199:223)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 224:393)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 1:32)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 33:51)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 52:106)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 107:161)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 162:186)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 187:225)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 226:259)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 260:282)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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