PDB-4pc1: Elongation Factor Tu:Ts complex with a bound phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pc1

タイトル

Elongation Factor Tu:Ts complex with a bound phosphate

要素

(Elongation factor ...) x 2

キーワード

TRANSLATION / G:GEF complex / elongation factor / Protein synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 - #20 / Elongation factor Ts, dimerisation domain / Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Thirup, S.S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural outline of the detailed mechanism for elongation factor Ts-mediated guanine nucleotide exchange on elongation factor Tu.
著者: Thirup, S.S. / Van, L.B. / Nielsen, T.K. / Knudsen, C.R.

履歴

登録	2014年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pc1.cif.gz	745.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pc1.ent.gz	632.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pc1_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pc1_full_validation.pdf.gz	493.1 KB	表示
XML形式データ	4pc1_validation.xml.gz	59.5 KB	表示
CIF形式データ	4pc1_validation.cif.gz	92 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pc1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pc2C 4pc3C 4pc6C 4pc7C 1tuiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pc6-1 4pc3-2 4pc3-1 4pc2-2 4pc6-2 4pc2-1 1iye-d 1iyd-d 2ej3-d 1xmx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (22) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (13) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (13) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (22)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (13)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Elongation factor Tu

B: Elongation factor Tu

C: Elongation factor Ts

D: Elongation factor Ts

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Elongation factor Tu

C: Elongation factor Ts

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Elongation factor Tu

D: Elongation factor Ts

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.510, 109.770, 195.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Elongation factor ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Elongation factor Tu / EF-Tu 分子量: 43340.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / DH10B / 遺伝子: tufA, tuf, ECDH10B_3514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1X6I9, UniProt: A0A0M3KKV1*PLUS
#2: タンパク質	Elongation factor Ts / EF-Ts 分子量: 30332.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tsf, BN17_45931, ECs0172, LF82_2325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TPM7

-
非ポリマー , 5種, 1410分子

#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PB / LEAD (II) ION 分子量: 207.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Hepes,22% PEG 6000, 150mM NaCl, 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9215 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9215 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→68.8 Å / Num. obs: 118029 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.7 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1593) / 分類: 精密化

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1TUI

1tui

解像度: 1.95→68.786 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	4526	3.99 %	Random
R_work	0.1743	-	-	-
obs	0.1757	113382	98.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→68.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9788	0	38	1402	11228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.35	13601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.888	3799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1559
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.3215	132	0.2779	3625	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9722-1.9954	0.2914	139	0.258	3581	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9954-2.0197	0.295	162	0.2515	3555	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0197-2.0453	0.2848	152	0.2404	3571	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0453-2.0722	0.2393	131	0.2325	3597	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0722-2.1006	0.2814	135	0.2174	3610	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1006-2.1306	0.2737	169	0.2175	3557	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1306-2.1624	0.2293	151	0.2051	3608	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1624-2.1962	0.2191	164	0.2022	3573	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1962-2.2322	0.2288	156	0.1917	3556	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2322-2.2707	0.2114	141	0.186	3612	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2707-2.312	0.2282	155	0.1855	3605	X-RAY DIFFRACTION	98
2.312-2.3564	0.2414	158	0.1787	3605	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3564-2.4045	0.204	143	0.1769	3574	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4045-2.4568	0.2345	161	0.1771	3587	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4568-2.514	0.2461	153	0.1717	3607	X-RAY DIFFRACTION	98
2.514-2.5769	0.2041	166	0.1695	3582	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5769-2.6465	0.2381	158	0.1737	3588	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6465-2.7244	0.2083	138	0.1688	3593	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7244-2.8123	0.2063	135	0.1722	3647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8123-2.9129	0.2169	165	0.1737	3587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9129-3.0295	0.1988	152	0.1653	3594	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0295-3.1674	0.1956	140	0.172	3640	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1674-3.3344	0.1797	159	0.163	3588	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3344-3.5433	0.1754	160	0.1649	3622	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5433-3.8168	0.2111	131	0.1574	3725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8168-4.2009	0.1754	149	0.1421	3731	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2009-4.8086	0.1543	145	0.1325	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8086-6.0578	0.1848	153	0.1559	3825	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0578-68.8289	0.1827	173	0.1737	3937	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8933	0.6728	0.3582	2.3966	0.6148	2.2887	0.0625	-0.1607	0.1156	0.1803	0.0282	-0.1942	-0.1579	0.0587	-0.0245	0.1844	0.0121	-0.0124	0.1224	-0.028	0.1474	14.4001	61.427	73.3049
2	3.9769	-1.7767	2.5207	3.2745	-2.8862	3.6289	-0.1916	-0.1062	0.0751	0.3904	0.1319	-0.5235	-0.3497	0.3286	0.1151	0.3962	0.1516	-0.1184	0.5264	-0.184	0.3041	33.118	45.4271	101.8355
3	0.1976	0.0971	0.007	0.9223	0.6417	1.8738	-0.1685	-0.4047	0.1591	0.1999	0.0057	0.0445	-0.1401	-0.3043	-0.0632	0.2599	0.1264	-0.0527	0.4402	-0.1788	0.2312	26.9789	35.9256	93.1835
4	2.4492	0.6765	-0.8811	2.0915	-0.2492	1.5017	0.1649	-0.3336	-0.2874	0.2398	-0.1801	0.0603	0.1918	-0.0487	-0.025	0.3166	-0.1129	-0.0323	0.2189	0.052	0.1707	48.1919	-16.6827	79.5634
5	0.0797	0.011	0.1644	0.9855	-0.3564	0.4094	0.0989	-0.0835	-0.2095	0.4313	0.1915	0.2847	-0.0166	-0.2173	0.3835	0.5918	-0.3954	0.33	1.1395	0.1606	-0.0233	23.9194	-2.0001	99.2845
6	0.4288	-0.2423	-0.0373	0.2329	0.0744	0.0451	0.1159	-0.635	-0.3753	0.372	0.1037	0.3237	0.0035	-0.0864	0.1484	0.8629	-0.5519	0.3038	1.312	0.1458	-0.0509	20.4838	3.5433	105.7804
7	1.1993	-0.0734	-0.0971	1.7153	-0.0578	1.3403	0.1976	-0.6799	-0.1486	0.6319	-0.2928	0.0064	0.1532	-0.2328	-0.0343	0.3173	-0.1628	0.0294	0.5001	-0.0171	0.1077	32.4748	11.137	91.551
8	4.4766	-0.2896	1.1941	2.0215	-0.4424	3.1691	-0.086	-0.4345	-0.0643	0.1074	0.2631	0.2533	-0.1426	-0.5394	-0.1577	0.1873	0.0871	-0.0082	0.2528	0.0409	0.1844	-6.9979	62.9639	57.9131
9	3.5689	-3.7578	-0.7184	4.5264	0.5004	1.7543	0.1379	-0.0496	-0.2282	-0.0937	0.0496	0.2771	-0.0526	-0.2207	-0.0962	0.1556	-0.0076	-0.0229	0.132	0.0471	0.1408	-1.0718	56.4193	49.0393
10	0.2533	0.2664	0.0412	2.9856	-0.0643	0.2992	-0.01	-0.0045	0.0243	0.0985	0.0236	0.0625	0.0188	-0.0756	-0.0204	0.0945	0.0032	-0.0122	0.1247	0.0003	0.1365	6.9823	35.5423	56.0536
11	0.5438	-0.7121	0.3277	4.0864	-0.6731	0.7032	-0.0326	-0.0205	0.0199	-0.1135	0.0749	0.0059	-0.0153	-0.024	-0.0551	0.0709	-0.0174	0.0089	0.1179	-0.0021	0.102	8.343	32.9565	54.4032
12	3.0426	0.7927	-1.7741	2.8062	-0.2309	5.0614	0.0339	0.1411	-0.1881	0.0832	0.0267	0.0055	0.1009	-0.0693	-0.0219	0.0881	0.0107	-0.0454	0.1037	-0.0153	0.145	19.3468	17.1311	59.5392
13	4.0447	4.093	4.3651	5.5222	4.4262	5.8272	-0.2108	0.3835	0.1922	-0.2758	-0.1235	0.1813	-0.2415	-0.0793	0.2561	0.157	0.043	0.0056	0.2114	0.017	0.1368	42.4539	18.8514	47.5774
14	6.0295	1.1947	-0.2297	3.5716	-2.1145	1.5828	0.0835	0.31	-0.3951	-0.1887	-0.1028	-0.0705	0.1986	0.0369	0.0686	0.1827	0.0228	-0.0344	0.1798	-0.0635	0.1517	43.2455	13.2246	53.4875
15	2.0867	0.166	0.6353	2.3725	-0.2967	2.0207	0.0917	-0.0392	-0.2783	0.0306	-0.102	-0.1344	0.2562	0.0661	-0.0071	0.0934	-0.0045	-0.0213	0.1101	-0.0107	0.1529	20.3126	13.5779	61.9598
16	0.932	0.9192	1.0458	1.4508	1.9382	2.5262	-0.067	0.1146	0.0098	-0.4582	0.4524	-0.9411	-0.3041	0.4725	-0.2924	0.2626	-0.0141	0.131	0.255	-0.0823	0.4802	26.2427	52.9458	60.4766
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18	1.1381	0.2458	-0.126	1.8857	-0.0276	0.9023	-0.0309	-0.0883	-0.036	0.1438	-0.001	-0.0996	0.1311	0.0547	0.0042	0.1559	0.0004	0.0009	0.1395	-0.0052	0.1179	65.2048	2.9548	65.7232
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20	3.6065	0.4161	2.0427	0.3905	0.1856	2.0601	-0.1429	0.2191	0.5488	-0.0501	-0.1188	-0.0575	-0.1348	0.0851	0.2103	0.1716	0.0272	0.0039	0.1182	0.0129	0.2665	43.3279	27.3044	56.9689
21	2.8414	0.7133	3.3712	3.5751	1.5422	5.0663	0.0339	0.3315	0.6379	-0.2758	-0.1849	-0.1847	-0.1939	0.2512	0.1442	0.1643	0.0258	0.0392	0.1612	0.0207	0.2482	30.2957	32.0139	51.1531
22	0.4089	0.3563	-0.4315	1.238	0.0232	1.7805	0.0635	-0.0659	0.4817	0.0197	-0.0726	0.1571	-0.2938	-0.1169	0.049	0.1558	0.0023	-0.0222	0.1433	-0.0522	0.3286	49.1626	31.0412	67.3208
23	3.2849	2.1697	-1.9151	1.6027	-1.6605	1.814	-0.4401	0.2522	-0.1131	-1.0118	0.5168	0.3515	0.3868	-0.428	-0.133	0.3624	-0.0725	-0.1462	0.2813	0.0537	0.2722	42.5393	-5.532	63.9357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 8:198)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 199:230)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 231:393)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 8:197)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 198:223)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 224:260)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 261:393)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 1:32)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 33:51)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 52:106)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 107:161)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 162:186)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 187:204)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 205:225)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 226:259)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 260:280)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 2:32)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 33:106)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 107:161)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 162:204)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 205:225)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 226:259)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 260:279)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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