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- PDB-4pbr: Crystal structure of the M. jannaschii G2 tRNA synthetase variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pbr
タイトルCrystal structure of the M. jannaschii G2 tRNA synthetase variant bound to 4-(2-bromoisobutyramido)-phenylalanine (BibaF)
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA synthetase / non-natural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2L7 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cooley, R.B. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0448297 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Gleaning Unexpected Fruits from Hard-Won Synthetases: Probing Principles of Permissivity in Non-canonical Amino Acid-tRNA Synthetases.
著者: Cooley, R.B. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A.
履歴
登録2014年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6414
ポリマ－36,1141
非ポリマー5273
水2,882160
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2838
ポリマ－72,2282
非ポリマー1,0556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area3820 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.260, 101.260, 71.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 36113.906 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32G, L65E, F108W, Q109M, D158S, L162K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-2L7 / 4-[(2-bromo-2-methylpropanoyl)amino]-L-phenylalanine / 4-[(2-ブロモ-2-メチルプロパノイル)アミノ]フェニルアラニン


分子量: 329.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17BrN2O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20-22% PEG 300, 5% PEG 8000, 10% glycerol and 100 mM Tris
PH範囲: 7.8-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.3 Å / Num. obs: 29723 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15.7 % / Net I/σ(I): 9.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZP1

2zp1


解像度: 1.9→45.3 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1465 4.93 %Random
Rwork0.1944 ---
obs0.1967 29711 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 32 160 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8363533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1711038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9680.40281480.33882713X-RAY DIFFRACTION98
1.968-2.04680.36051600.29062765X-RAY DIFFRACTION99
2.0468-2.13990.33041350.26282789X-RAY DIFFRACTION100
2.1399-2.25280.31761420.24392790X-RAY DIFFRACTION99
2.2528-2.39390.281660.22852737X-RAY DIFFRACTION99
2.3939-2.57870.26861370.22622835X-RAY DIFFRACTION100
2.5787-2.83820.2861320.22062833X-RAY DIFFRACTION100
2.8382-3.24880.25911530.20092848X-RAY DIFFRACTION100
3.2488-4.09270.21211580.16252873X-RAY DIFFRACTION100
4.0927-45.30.17871340.15773063X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.72590.24071.26341.30630.49715.2054-0.12040.12360.16080.0198-0.0726-0.0774-0.36250.62480.1310.2092-0.0268-0.01850.23780.04430.242975.520942.9804-4.3955
24.0367-0.50431.76092.7443-0.0453.9611-0.140.078-0.07240.1930.0384-0.3033-0.01490.60420.06550.2932-0.0137-0.03470.40580.0780.272985.62937.065320.7393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:195)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 196:310)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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