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万見
- PDB-4par: The 5-Hydroxymethylcytosine-Specific Restriction Enzyme AbaSI in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4par
タイトルThe 5-Hydroxymethylcytosine-Specific Restriction Enzyme AbaSI in a Complex with Product-like DNA
要素
  • DNA 14-MER
  • DNA 18-MER
  • Uncharacterized protein AbaSI
キーワードDNA Binding Protein/DNA / Hydroxymethylcytosine-dependent restriction enzyme / hydrolase / VSR endonuclease-like / SRA domain-like / Epigenetic sequencing tool / DNA Binding Protein-DNA complex
機能・相同性SET and RING associated domain / : / SET and RING associated domain / Restriction endonuclease PvuRts1 I-like, N-terminal / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
T4likevirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-20 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure of 5-hydroxymethylcytosine-specific restriction enzyme, AbaSI, in complex with DNA.
著者: Horton, J.R. / Borgaro, J.G. / Griggs, R.M. / Quimby, A. / Guan, S. / Zhang, X. / Wilson, G.G. / Zheng, Y. / Zhu, Z. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: High-resolution enzymatic mapping of genomic 5-hydroxymethylcytosine in mouse embryonic stem cells.
著者: Sun, Z. / Terragni, J. / Jolyon, T. / Borgaro, J.G. / Liu, Y. / Yu, L. / Guan, S. / Wang, H. / Sun, D. / Cheng, X. / Zhu, Z. / Pradhan, S. / Zheng, Y.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Characterization of the 5-hydroxymethylcytosine-specific DNA restriction endonucleases.
著者: Borgaro, J.G. / Zhu, Z.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Comparative characterization of the PvuRts1I family of restriction enzymes and their application in mapping genomic 5-hydroxymethylcytosine.
著者: Wang, H. / Guan, S. / Quimby, A. / Cohen-Karni, D. / Pradhan, S. / Wilson, G. / Roberts, R.J. / Zhu, Z. / Zheng, Y.
履歴
登録2014年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年3月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA 18-MER
G: DNA 14-MER
F: DNA 18-MER
H: DNA 14-MER
B: Uncharacterized protein AbaSI
A: Uncharacterized protein AbaSI
C: Uncharacterized protein AbaSI
D: Uncharacterized protein AbaSI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,4089
ポリマ－170,3468
非ポリマー621
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12930 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area67900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.826, 144.704, 105.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA 18-MER


分子量: 5530.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) T4likevirus (ウイルス)
#2: DNA鎖 DNA 14-MER


分子量: 4294.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) T4likevirus (ウイルス)
#3: タンパク質
Uncharacterized protein AbaSI


分子量: 37673.785 Da / 分子数: 4 / Mutation: C2S, C309S, C321S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: SDF / 遺伝子: ABSDF3356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VN39
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 3350, ammonium tartrate, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→34.9 Å / Num. obs: 35953 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 74.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.89→2.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1593) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model from 2 SAD expts

解像度: 2.89→34.9 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1786 4.98 %
Rwork0.1898 --
obs0.1927 35850 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→34.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10386 1304 4 0 11694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89416555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5434654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.889-2.9670.36911190.30562204X-RAY DIFFRACTION84
2.967-3.05430.36291290.30922548X-RAY DIFFRACTION95
3.0543-3.15280.36061340.28942605X-RAY DIFFRACTION98
3.1528-3.26540.32751470.24392647X-RAY DIFFRACTION99
3.2654-3.39610.26191410.22552637X-RAY DIFFRACTION99
3.3961-3.55050.29891360.22332656X-RAY DIFFRACTION100
3.5505-3.73750.33211290.21772677X-RAY DIFFRACTION100
3.7375-3.97130.28491470.19482664X-RAY DIFFRACTION100
3.9713-4.27740.2591420.17782684X-RAY DIFFRACTION100
4.2774-4.7070.17881390.15932666X-RAY DIFFRACTION100
4.707-5.38590.23461420.16142672X-RAY DIFFRACTION100
5.3859-6.77760.24991420.18532706X-RAY DIFFRACTION100
6.7776-34.90210.17421390.15062698X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1031-0.49781.21333.48111.581610.93350.18950.7408-0.1740.01680.5228-0.756-0.19881.0304-0.67240.33130.0297-0.07650.4787-0.14840.66740.959911.4715-32.8951
24.0274-0.02321.21474.9234-1.41556.89740.3685-1.22580.01911.405-0.0523-0.5212-0.3984-0.0506-0.34390.89430.0057-0.16651.0222-0.05390.63762.275316.7414-6.1673
37.0025-0.11182.20332.87850.03939.90730.0222-0.4592-0.15610.03840.27550.20880.0306-0.9373-0.27850.3283-0.0731-0.03580.35930.05660.5574-23.03059.0888-45.7059
46.8317-0.57520.68695.53561.34117.94010.21041.0802-0.1199-1.10310.16860.1081-0.4730.0121-0.37830.5897-0.04480.00360.56080.0020.3633-27.111816.3425-72.4956
54.31040.3283-3.45993.77971.90335.6220.1671-0.45340.8356-0.25120.33240.0725-0.39180.9196-0.51190.4395-0.09560.04570.4747-0.01490.6901-5.076857.4082-24.4687
63.00210.0247-0.47972.09243.11417.66940.2129-0.74360.67840.37380.3223-0.46870.09811.745-0.55180.6071-0.1056-0.01241.1278-0.15130.89123.71556.549-19.1069
74.17730.7127-0.55364.66150.07889.11940.09770.36120.2002-1.0294-0.1448-0.52320.27061.27060.01830.68390.08380.13980.66350.19770.59221.590850.4169-48.0379
87.764-0.2598-2.44545.74310.08239.8223-0.04320.62020.0455-0.01360.47750.48980.34-0.8112-0.43480.3801-0.06-0.01580.45070.01190.5387-25.749458.2206-10.5853
94.4222-0.0487-1.31222.3672-0.55617.1899-0.0249-1.30650.38811.2790.2629-0.11880.01870.511-0.2491.07050.138-0.02990.845-0.22070.646-26.393356.452816.1491
102.8281-1.25442.03344.01782.10315.79510.491.08350.3357-0.39130.2367-0.16450.6247-0.4606-0.73590.81410.03930.10260.88630.15590.573-9.839834.2737-62.1746
113.3065-1.0106-1.6891.3004-0.21234.29030.41661.4768-0.132-0.9599-0.32560.0649-0.1466-1.1282-0.26381.21270.05560.18011.36410.01850.6197-7.609534.324-73.2557
121.45220.183-0.67730.8211-0.52681.50870.6026-1.601-0.3007-0.00780.43950.2419-2.7737-1.0021-1.07041.93070.20410.1421.71940.05140.7235-12.944235.455-9.019
131.5503-1.88370.70781.3385-0.4954.5331-0.1158-0.79540.03850.36830.7215-0.023-0.44860.0634-0.59841.71250.07910.05750.9903-0.06540.6125-12.700632.4449-17.9019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:151)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 152:318)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 5:173)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 174:317)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 4:78)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 79:151)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 152:317)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 5:150)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 151:317)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 1:30)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 31:42)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resid 1:13)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain F and resid 14:42)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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