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Yorodumi- PDB-4par: The 5-Hydroxymethylcytosine-Specific Restriction Enzyme AbaSI in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4par | ||||||
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Title | The 5-Hydroxymethylcytosine-Specific Restriction Enzyme AbaSI in a Complex with Product-like DNA | ||||||
Components |
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Keywords | DNA Binding Protein/DNA / Hydroxymethylcytosine-dependent restriction enzyme / hydrolase / VSR endonuclease-like / SRA domain-like / Epigenetic sequencing tool / DNA Binding Protein-DNA complex | ||||||
Function / homology | SET and RING associated domain / : / SET and RING associated domain / Restriction endonuclease PvuRts1 I-like, N-terminal / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) T4likevirus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.89 Å | ||||||
Authors | Horton, J.R. / Cheng, X. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2014 Title: Structure of 5-hydroxymethylcytosine-specific restriction enzyme, AbaSI, in complex with DNA. Authors: Horton, J.R. / Borgaro, J.G. / Griggs, R.M. / Quimby, A. / Guan, S. / Zhang, X. / Wilson, G.G. / Zheng, Y. / Zhu, Z. / Cheng, X. #1: Journal: Cell Rep / Year: 2013 Title: High-resolution enzymatic mapping of genomic 5-hydroxymethylcytosine in mouse embryonic stem cells. Authors: Sun, Z. / Terragni, J. / Jolyon, T. / Borgaro, J.G. / Liu, Y. / Yu, L. / Guan, S. / Wang, H. / Sun, D. / Cheng, X. / Zhu, Z. / Pradhan, S. / Zheng, Y. #2: Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013 Title: Characterization of the 5-hydroxymethylcytosine-specific DNA restriction endonucleases. Authors: Borgaro, J.G. / Zhu, Z. #3: Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2011 Title: Comparative characterization of the PvuRts1I family of restriction enzymes and their application in mapping genomic 5-hydroxymethylcytosine. Authors: Wang, H. / Guan, S. / Quimby, A. / Cohen-Karni, D. / Pradhan, S. / Wilson, G. / Roberts, R.J. / Zhu, Z. / Zheng, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4par.cif.gz | 612.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4par.ent.gz | 504.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4par.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4par ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4par | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: DNA chain | Mass: 5530.606 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) T4likevirus #2: DNA chain | Mass: 4294.814 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) T4likevirus #3: Protein | Mass: 37673.785 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C2S, C309S, C321S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Strain: SDF / Gene: ABSDF3356 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B0VN39 #4: Chemical | ChemComp-EDO / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 / Details: PEG 3350, ammonium tartrate, HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.89→34.9 Å / Num. obs: 35953 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 74.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.89→2.99 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 89.3 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: dev_1593) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: model from 2 SAD expts Resolution: 2.89→34.9 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.89→34.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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