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- PDB-4pab: Crystal structure of the precursor form of rat DMGDH complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pab
タイトルCrystal structure of the precursor form of rat DMGDH complexed with tetrahydrofolate
要素Dimethylglycine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dimethylglycine dehydrogenase / rat / tetrahydrofolate
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylglycine dehydrogenase / dimethylglycine dehydrogenase activity / Choline catabolism / amino-acid betaine catabolic process / choline catabolic process / choline metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / folic acid binding / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix ...dimethylglycine dehydrogenase / dimethylglycine dehydrogenase activity / Choline catabolism / amino-acid betaine catabolic process / choline catabolic process / choline metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / folic acid binding / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain ...FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / THIOCYANATE ION / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / Dimethylglycine dehydrogenase / Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Luka, Z. / Pakhomova, S. / Loukachevitch, L.V. / Newcomer, M.E. / Wagner, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK15289 米国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Folate in demethylation: The crystal structure of the rat dimethylglycine dehydrogenase complexed with tetrahydrofolate.
著者: Luka, Z. / Pakhomova, S. / Loukachevitch, L.V. / Newcomer, M.E. / Wagner, C.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethylglycine dehydrogenase
B: Dimethylglycine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,00814
ポリマ－195,0822
非ポリマー2,92712
水12,989721
1
A: Dimethylglycine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0047
ポリマ－97,5411
非ポリマー1,4636
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dimethylglycine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0047
ポリマ－97,5411
非ポリマー1,4636
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.182, 107.215, 114.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 859 / Label seq-ID: 40 - 861

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Dimethylglycine dehydrogenase / Dimethylglycine dehydrogenase / mitochondrial


分子量: 97540.859 Da / 分子数: 2 / 変異: A204V, I267V, T402K, E509R, N746D, N774D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dmgdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5RKL4, UniProt: Q63342*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸


分子量: 445.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O6
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350, 0.1 M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.19 Å / Num. all: 167803 / Num. obs: 167803 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PJ5

1pj5


解像度: 1.85→48.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 6.995 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23053 3356 2 %RANDOM
Rwork0.20648 ---
obs0.20697 163455 96.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å2-0 Å22.73 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----2.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13063 0 194 721 13978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01913621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.97718493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.856329635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.98751653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03923.681614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.317152274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5621590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8951.9196606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8751.9146593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3662.8668243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3662.8668242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2482.1067015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.232.1027005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9743.09710238
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.04416.4916033
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.97616.215684
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 52989 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 211 -
Rwork0.355 10865 -
obs--86.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8559-0.6281-0.52794.4838-0.46094.33260.04880.6348-0.3853-0.4671-0.02110.00160.3397-0.0658-0.02770.14820.00430.04370.1359-0.05910.071162.942-9.51557.943
21.313-0.0704-0.35780.69190.13512.91470.09520.04140.0868-0.1202-0.0214-0.1703-0.07160.3573-0.07380.0837-0.02940.06590.07610.00170.096569.4260.99572.08
34.8342-0.42411.32981.4577-0.4453.19750.19340.26420.53-0.1522-0.1119-0.3446-0.68520.7571-0.08160.3282-0.21950.17110.224-0.01080.290776.51318.21573.009
40.94640.0172-0.85050.59830.05421.79640.04910.04070.0154-0.00780.02090.0269-0.0888-0.1475-0.06990.02710.0082-0.01880.02490.01770.038245.322-2.67390.799
54.28440.11870.20793.63521.11224.5002-0.0117-0.6669-0.41020.3968-0.0147-0.03270.5998-0.08570.02650.13570.01560.04130.1150.08250.07613.529-9.75356.749
61.31030.0332-0.31250.6858-0.25413.42250.021-0.04940.05610.12320.0140.1733-0.0412-0.4235-0.03510.02860.00520.03220.0621-0.00740.09027.0981.16742.843
75.06630.36931.32791.46890.32633.92030.0739-0.28850.47370.1426-0.04770.3519-0.7858-0.7908-0.02620.29490.21090.10320.19210.00230.26250.36318.55342.055
80.86-0.0887-0.92030.5620.08622.3951-0.0384-0.0701-0.01130.00430.027-0.0240.10680.30580.01150.01960.0159-0.02050.0446-0.00280.032831.171-2.86624.171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3A259 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4A361 - 857
5X-RAY DIFFRACTION5B38 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6B68 - 258
7X-RAY DIFFRACTION7B259 - 360
8X-RAY DIFFRACTION8B361 - 857

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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