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- PDB-4pa7: Structure of NavMS pore and C-terminal domain crystallised in pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pa7
タイトルStructure of NavMS pore and C-terminal domain crystallised in presence of channel blocking compound
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / channel blocking compound / sodium channel / pore / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/H01070X 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J020702 英国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism.
著者: Bagneris, C. / DeCaen, P.G. / Naylor, C.E. / Pryde, D.C. / Nobeli, I. / Clapham, D.E. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Role of the C-terminal domain in the structure and function of tetrameric sodium channels.
著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Hall, B.A. / Naylor, C.E. / Clapham, D.E. / Kay, C.W. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing.
著者: McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid
Remark 0 : statistics at the very beginning when nothing is done yet

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,66518
ポリマ－67,3464
非ポリマー3,31914
水50428
1
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,23420
ポリマ－67,3464
非ポリマー3,88816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area11340 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
2
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子

C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,09516
ポリマ－67,3464
非ポリマー2,74912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area9000 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.810, 328.860, 79.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-304-

NA

21D-303-

NA

31A-402-

HOH

41B-406-

HOH

51D-408-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 16836.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pore and C-terminal domain / 由来: (組換発現) Magnetococcus sp. (バクテリア) / 株: MC-1 / 遺伝子: Mmc1_0798 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0L5S6
#2: 化合物
ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE CHANNEL PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF THE CHANNEL-BLOCKING COMPOUND 4- ...THE CHANNEL PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF THE CHANNEL-BLOCKING COMPOUND 4-BROMOBENZYLAMINE, BUT NO EVIDENCE FOR IT COULD BE SEEN IN THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.41 % / 解説: flat rectangular plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.1 M TRIS, pH 8.0, 34 % PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2003年10月21日
放射モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→45.2 Å / Num. obs: 21117 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 64.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.02→3.21 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: using 3ZJZ as a starting molecule

3zjz


解像度: 3.02→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8828 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9048 / SU R Cruickshank DPI: 0.437 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.427 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.301
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2645 1093 5.18 %RANDOM
Rwork0.2512 ---
obs0.2519 21096 99.47 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.0495 Å20 Å20 Å2
2---16.6475 Å20 Å2
3---6.598 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.715 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.02→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 135 28 3012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013057HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.14151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d989SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes35HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes439HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3057HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3845SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.17 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 132 4.95 %
Rwork0.2274 2533 -
all0.2281 2665 -
obs--99.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0928-0.01111.0840.9083-0.09444.5945-0.07560.04120.65310.08390.23850.0418-0.6295-0.0049-0.163-0.2322-0.00770.03790.93780.0801-0.2405-27.7334-63.64611.7935
25.82210.4582-1.77451.4469-0.01547.0696-0.07430.03790.5977-0.09210.24670.1209-0.74430.0855-0.1724-0.2258-0.0766-0.03360.937-0.0306-0.3004-31.3557-63.688332.2446
35.8216-0.6026-1.33862.7818-0.35735.3144-0.1015-0.0516-0.57420.0630.19870.07820.7170.0319-0.0972-0.2631-0.0249-0.06090.94850.0557-0.32-28.7971-99.495530.1699
45.59-0.48742.48322.94930.89886.10290.024-0.0539-0.67720.12410.21130.01930.6020.1303-0.2353-0.30880.07510.06130.87720.0273-0.3765-29.593-99.67729.2357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|131 - B|220 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|131 - D|220 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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