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万見
- PDB-4p2z: Structure of NavMS T207A/F214A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p2z
タイトルStructure of NavMS T207A/F214A
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / mutant / sodium channel / pore / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/H01070X 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J020702 英国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism.
著者: Bagneris, C. / DeCaen, P.G. / Naylor, C.E. / Pryde, D.C. / Nobeli, I. / Clapham, D.E. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Role of the C-terminal domain in the structure and function of tetrameric sodium channels.
著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Hall, B.A. / Naylor, C.E. / Clapham, D.E. / Kay, C.W. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing.
著者: McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,14814
ポリマ－66,9224
非ポリマー3,22710
水32418
1
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,57912
ポリマ－66,9224
非ポリマー2,6578
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area7760 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
2
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子

C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,71816
ポリマ－66,9224
非ポリマー3,79712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area8450 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.010, 333.040, 80.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-302-

NA

21C-303-

NA

詳細Gel filtration was used to confirm the tetrameric state

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 16730.379 Da / 分子数: 4 / 変異: T207A, F214A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Pore and C-terminal domain only. The initial 4 residues are from a sequence. Double mutation to eliminate compound binding in the fenestration.
由来: (組換発現) Magnetococcus sp. (バクテリア) / 株: MC-1 / 遺伝子: Mmc1_0798 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0L5S6
#2: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.26 % / 解説: Flat rectangular plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8, 34% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→45.7 Å / Num. obs: 18905 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 75.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.278 / Net I/av σ(I): 1.9 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.08→3.3 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 71.1

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZJZ

3zjz


解像度: 3.08→45.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8698 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8648 / SU R Cruickshank DPI: 0.534 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.513 / SU Rfree Blow DPI: 0.344 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.351
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2811 979 5.18 %RANDOM
Rwork0.2576 ---
obs0.2588 18902 92.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1986 Å20 Å20 Å2
2---18.0442 Å20 Å2
3---9.8456 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.761 Å
精密化ステップサイクル: last / 解像度: 3.08→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 0 117 18 2967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013072HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d971SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes438HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3072HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3816SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.25 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 97 5.14 %
Rwork0.2453 1789 -
all0.2464 1886 -
obs--92.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.90441.7951-1.99413.22350.25197.7057-0.02320.08390.6670.0090.26260.4328-0.90570.3416-0.2395-0.2456-0.06-0.08480.14990.0051-0.3139-31.2165-63.821432.8063
26.45251.13321.66531.4676-1.71114.8596-0.1699-0.14330.52170.24130.23930.4175-0.6369-0.1081-0.0694-0.2795-0.04660.05980.18620.0324-0.2131-27.9969-63.760211.0709
36.0442-0.66151.84422.91130.52846.68050.0288-0.0799-0.46080.00530.158-0.04330.57480.1469-0.1868-0.3355-0.00670.06620.2570.0108-0.2447-29.2768-99.5128.7423
47.1465-1.9531-0.71512.0813-0.75915.137-0.0430.0491-0.49410.05080.04560.46810.495-0.0065-0.0026-0.29390.0136-0.04520.1949-0.0071-0.2602-28.8121-99.441330.8445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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