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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pa3 | |||||||||
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タイトル | Structure of NavMS in complex with channel blocking compound | |||||||||
![]() | Ion transport protein![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Wallace, B.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism. 著者: Bagneris, C. / DeCaen, P.G. / Naylor, C.E. / Pryde, D.C. / Nobeli, I. / Clapham, D.E. / Wallace, B.A. #1: ![]() タイトル: Role of the C-terminal domain in the structure and function of tetrameric sodium channels. 著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Hall, B.A. / Naylor, C.E. / Clapham, D.E. / Kay, C.W. / Wallace, B.A. #2: ![]() タイトル: Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing. 著者: McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A. | |||||||||
履歴 |
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Remark 0 | : statistics at the very beginning when nothing is done yet |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 16836.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pore and C-terminal domain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 36分子 ![](data/chem/img/2CV.gif)
![](data/chem/img/12P.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/12P.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-2CV / #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE BROMINE ION IS FROM THE COMPOUND 3-(4-BROMOPHENYL)PROPANAMINE THAT IS PRESENT AT TOO LOW ...THE BROMINE ION IS FROM THE COMPOUND 3-(4-BROMOPHENY |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 % / 解説: Flat rectangular plates |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Sodium Ctriate, 0.1 M TRIS, pH 8.0, 34 % PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.25→45.54 Å / Num. obs: 17145 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 101.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.51 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: Starting model 3ZJZ 解像度: 3.25→45.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8761 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8875 / SU R Cruickshank DPI: 0.534 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.522 / SU Rfree Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.313
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原子変位パラメータ | Biso mean: 61.61 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.64 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.25→45.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.25→3.45 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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