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万見
- PDB-4p9x: Structure of ConA/Rh3Glu complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p9x
タイトルStructure of ConA/Rh3Glu complex
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / carbohydrate / porous protein framework
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-R3G / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Sakai, F. / Weiss, M.S. / Chen, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ConA/Rh3Glu complex
著者: Sakai, F. / Weiss, F.S. / Chen, G.
履歴
登録2014年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
C: Concanavalin-A
D: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,14916
ポリマ－102,4904
非ポリマー3,66012
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.173, 116.028, 84.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Concanavalin-A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 164-281, 30-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物
ChemComp-R3G / 2-[2-(2-{4-[(alpha-D-glucopyranosyloxy)methyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}ethoxy)ethoxy]ethyl 2-[3,6-bis(diethylamino)-9H-xanthen-9-yl]benzoate


分子量: 819.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H57N5O11
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.2
詳細: buffer: 20 mM HEPES, 5 mM of CaCl2, and 5 mM of MnCl2; pH = 7.2. The crystal was obtained by diffusion method in glass tube sequentially put with ConA solution, pure buffer, and the ligand solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→39.4 Å / Num. obs: 98988 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.42 % / Net I/σ(I): 17.63

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP11.0.02位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / WRfactor Rfree: 0.2845 / WRfactor Rwork: 0.2369 / FOM work R set: 0.8099 / SU B: 10.555 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.1736 / SU Rfree: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2953 2981 3 %RANDOM
Rwork0.245 96007 --
obs0.2465 96007 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.18 Å2 / Biso mean: 21.557 Å2 / Biso min: 8.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20.42 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 244 114 7594
Biso mean--16.25 28.61 -
残基数----948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.027660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1111.97710448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5055944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08724.872312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.418151156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0311524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215784
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 221 -
Rwork0.288 6929 -
all-7150 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56940.12750.08581.81760.0061.3626-0.00410.0026-0.05650.03120.002-0.07360.01610.03470.00210.02550.0076-0.02050.0031-0.00860.060914.643-0.23125.247
22.5847-0.08220.25871.57670.2941.14010.03120.0543-0.041-0.0294-0.02740.1128-0.0411-0.1023-0.00380.06290.0247-0.02060.06470.02310.0932-21.357-2.40818.706
31.47310.3319-0.13841.7807-0.38612.00990.0170.029-0.0212-0.0092-0.0106-0.0458-0.05110.0136-0.00640.09050.0101-0.0140.00380.00310.04030.195-31.46238.414
41.0781-0.28890.01371.56860.22712.4854-0.01520.0607-0.069-0.0371-0.02660.0274-0.0594-0.00730.04180.1103-0.0257-0.00910.0506-0.03580.0677-2.504-29.5172.025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 237
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 303
3X-RAY DIFFRACTION1A403 - 406
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 237
5X-RAY DIFFRACTION2B301 - 303
6X-RAY DIFFRACTION2B404 - 407
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 237
8X-RAY DIFFRACTION3C301 - 303
9X-RAY DIFFRACTION3C405 - 408
10X-RAY DIFFRACTION4D1 - 237
11X-RAY DIFFRACTION4D301 - 303
12X-RAY DIFFRACTION4D401 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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