PDB-4p9t: Structure of the free form of the N-terminal VH1 domain of monome...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p9t

タイトル

Structure of the free form of the N-terminal VH1 domain of monomeric alpha-catenin

要素

Catenin alpha-2

キーワード

CELL ADHESION / Cytoskeletal protein / adherens junction / helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

radial glia guided migration of Purkinje cell / regulation of synapse structural plasticity / extrinsic component of postsynaptic membrane / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / extrinsic component of presynaptic membrane / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / presynaptic active zone cytoplasmic component / Myogenesis / regulation of neuron migration / brain morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shibahara, T. / Hirano, Y. / Hakoshima, T.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure of the free form of the N-terminal VH1 domain of monomeric alpha-catenin.
著者: Shibahara, T. / Hirano, Y. / Hakoshima, T.

履歴

登録	2014年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p9t.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p9t.ent.gz	140.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p9t_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p9t_full_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示
XML形式データ	4p9t_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	4p9t_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/4p9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/4p9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dovS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dow-d 5j1f-2 5j1h-1 5iem-d 5kbn-1 3wuv-4 4ld3-d 6t69-d 3zcj-2 3wuv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catenin alpha-2

B: Catenin alpha-2

C: Catenin alpha-2

D: Catenin alpha-2

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Catenin alpha-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Catenin alpha-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Catenin alpha-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Catenin alpha-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.777, 68.777, 207.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	THR	THR	chain A and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	A	A	20 - 41	22 - 43
1	2	LYS	LYS	ALA	ALA	chain A and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	A	A	56 - 260	58 - 262
2	1	ARG	ARG	THR	THR	chain B and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	B	B	20 - 41	22 - 43
2	2	LYS	LYS	ALA	ALA	chain B and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	B	B	56 - 260	58 - 262
3	1	ARG	ARG	THR	THR	chain C and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	C	C	20 - 41	22 - 43
3	2	LYS	LYS	ALA	ALA	chain C and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	C	C	56 - 260	58 - 262
4	1	ARG	ARG	THR	THR	chain D and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	D	D	20 - 41	22 - 43
4	2	LYS	LYS	ALA	ALA	chain D and (resseq 20:41 or resseq 56:260 )	D	D	56 - 260	58 - 262

#1: タンパク質	Catenin alpha-2 / Alpha N-catenin 分子量: 28961.299 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ctnna2, Catna2 / プラスミド: pET-47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q61301
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射	モノクロメーター: SI(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38552 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 46.2
反射シェル	最高解像度: 2.5 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MrBUMP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DOV

1dov

解像度: 2.5→45.177 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2344	1891	5 %	Random selection
R_work	0.2147	-	-	-
obs	0.2157	37854	99.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6611	0	82	38	6731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	9106
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.866	2330
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1181

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1626	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1626	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
1	3	C	1620	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
1	4	D	1626	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5626	0.3514	133	0.3087	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5626-2.6319	0.3545	129	0.3393	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6319-2.7094	0.3209	133	0.3098	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7094-2.7968	0.3061	133	0.2703	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7968-2.8967	0.2783	147	0.2851	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8967-3.0127	0.2593	136	0.2756	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0127-3.1498	0.2982	163	0.2646	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1498-3.3158	0.2766	141	0.2404	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3158-3.5235	0.2337	133	0.2192	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5235-3.7954	0.2013	134	0.1953	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7954-4.1771	0.2004	146	0.1841	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1771-4.7809	0.1913	135	0.1749	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7809-6.0212	0.2151	110	0.2004	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0212-45.1843	0.225	118	0.1829	2401	X-RAY DIFFRACTION	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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