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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p9c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dCMP deaminase from the cyanophage S-TIM5 in complex with dCMP and dUMP | ||||||
要素 | Deoxycytidylate deaminase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / dCMP deaminase / cytidine deaminase / deoxycytidylate deaminase / S-TIM5 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dCMP deaminase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleotide binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cyanophage S-TIM5 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Marx, A. / Alian, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: The First Crystal Structure of a dTTP-bound Deoxycytidylate Deaminase Validates and Details the Allosteric-Inhibitor Binding Site. 著者: Marx, A. / Alian, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p9c.cif.gz | 335.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p9c.ent.gz | 273.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4p9c_validation.pdf.gz | 7.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4p9c_full_validation.pdf.gz | 7.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4p9c_validation.xml.gz | 75.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4p9c_validation.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/4p9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/4p9c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15191.383 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanophage S-TIM5 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H6WFU3 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-DCM / #4: 化合物 | ChemComp-DU / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M MMT buffer pH 8, 25% (w/v) PEG 1500, 5mM Magnesium chloride and 5mM dCTP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9322 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→99.99 Å |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→99.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.493 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→99.99 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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