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- PDB-4p7m: Crystal structure of Plasmodium falciparum MIF in complex with 3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p7m
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum MIF in complex with 3-[(2-methyl-6-phenylpyridin-4-yl)oxy]phenol
要素Macrophage migration inhibitory factor-like protein
キーワードCYTOKINE/INHIBITOR / Malaria / inhibitor / active site / complex / CYTOKINE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[(2-methyl-6-phenylpyridin-4-yl)oxy]phenol / L-dopachrome isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Pantouris, G. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and Receptor Binding Characterization of Plasmodium falciparum Macrophage Migration Inhibitory Factor Complexed to Two Potent Inhibitors.
著者: Pantouris, G. / Rajasekaran, D. / Garcia, A.B. / Ruiz, V.G. / Leng, L. / Jorgensen, W.L. / Bucala, R. / Lolis, E.J.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Data collection
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
B: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
C: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2764
ポリマ－37,9993
非ポリマー2771
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
2
A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
B: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
C: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子

A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
B: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
C: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5528
ポリマ－75,9976
非ポリマー5552
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.036, 79.750, 97.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA1 - 1121 - 112
21SERSERBB1 - 1121 - 112
12ASPASPAA1 - 1011 - 101
22ASPASPCC1 - 1011 - 101
13ASPASPBB1 - 1011 - 101
23ASPASPCC1 - 1011 - 101

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor-like protein


分子量: 12666.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Q3H7
#2: 化合物 ChemComp-2OE / 3-[(2-methyl-6-phenylpyridin-4-yl)oxy]phenol


分子量: 277.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15NO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 M ammonium sulphate, 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris.HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→50 Å / Num. obs: 6087 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 0.903 / Net I/av σ(I): 16.913 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 30549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.02-3.075.10.3013121.35298.7
3.07-3.134.90.2543020.91299
3.13-3.1950.2313001.07699.3
3.19-3.255.10.2023050.79998.7
3.25-3.3250.1923080.80999.4
3.32-3.45.10.1632970.84199.3
3.4-3.494.90.1373100.88398.4
3.49-3.5850.133030.8599.7
3.58-3.6950.1243061.19198.4
3.69-3.850.1063060.99398.4
3.8-3.944.90.1043061.65298.7
3.94-4.15.20.0873040.99997.4
4.1-4.284.90.0782960.88897.4
4.28-4.5150.0723060.93696.2
4.51-4.7950.063090.79795.4
4.79-5.1650.062980.73695.8
5.16-5.685.10.0573120.61695.4
5.68-6.55.10.0512980.57795.5
6.5-8.195.10.0453050.53492.4
8.19-504.90.0493040.61885.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→25.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 26.923 / SU ML: 0.488 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.614
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3243 280 4.6 %RANDOM
Rwork0.2467 5797 --
obs0.2505 6077 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.25 Å2 / Biso mean: 48.283 Å2 / Biso min: 17.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.02→25.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2091 0 21 11 2123
Biso mean--87.76 31.97 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.952948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1443.0024251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2225292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12925.86287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08215290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.57156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6595.3091191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6555.3091190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8147.9381469
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A38260.11
12B38260.11
21A37180.13
22C37180.13
31B34070.12
32C34070.12
LS精密化 シェル解像度: 3.016→3.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 14 -
Rwork0.273 401 -
all-415 -
obs--91.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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