PDB-4p62: Directed evolution of a B3 metallo-beta-lactamase AIM-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p62

タイトル

Directed evolution of a B3 metallo-beta-lactamase AIM-1

要素

Metallo-beta-lactamase AIM-1

キーワード

HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / Antibiotic resistance / Directed evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Hou, C.-F.D. / Collyer, C. / Ollis, D.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed evolution of a B3 metallo-beta-lactamase AIM-1
著者: Hou, C.-F.D. / Collyer, C. / Ollis, D.L.

履歴

登録	2014年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p62.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p62.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zql-d 2oaa-d 1lmk-2 5ala-d 4c9h-d 5lrp-d 4yab-d 5va6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase AIM-1

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase AIM-1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase AIM-1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
62.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.453, 76.453, 240.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase AIM-1 分子量: 31146.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaAIM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5DCA0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 8000, Zinc acetate, Sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.89 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→44.49 Å / Num. obs: 34233 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 2.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

解像度: 1.89→66.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 2.032 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19964	1726	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17503	-	-	-
obs	0.17628	32428	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.199 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0.18 Å²	0 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→66.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2001	0	7	214	2222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.812	1.954	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.354	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.998	23.111	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.747	15	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.636	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.549	1.658	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.545	1.656	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.251	2.474	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.25	2.476	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.369	1.877	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.369	1.877	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.622	2.711	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.413	14.089	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.329	13.829	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.892→1.941 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	110	-
R_work	0.212	2243	-
obs	-	-	95.85 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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