[日本語] English
万見
- PDB-4p5x: Structure of the N-terminal domain of the human mitochondrial asp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5x
タイトルStructure of the N-terminal domain of the human mitochondrial aspartate/glutamate carrier Aralar in the calcium-bound state
要素Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1
キーワードcalcium binding protein / regulatory-domain / EF hand / mitochondrial carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


3-sulfino-L-alanine: proton, glutamate antiporter activity / aspartate:glutamate, proton antiporter activity / malate-aspartate shuttle / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / aspartate transmembrane transport / Aspartate and asparagine metabolism / L-aspartate transmembrane transporter activity / Mitochondrial protein import ...3-sulfino-L-alanine: proton, glutamate antiporter activity / aspartate:glutamate, proton antiporter activity / malate-aspartate shuttle / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / aspartate transmembrane transport / Aspartate and asparagine metabolism / L-aspartate transmembrane transporter activity / Mitochondrial protein import / response to calcium ion / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...: / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Electrogenic aspartate/glutamate antiporter SLC25A12, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.261 Å
データ登録者Thangaratnarajah, C. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
Mitochondrial European Educational TrainingGA n317433
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Calcium-induced conformational changes of the regulatory domain of human mitochondrial aspartate/glutamate carriers.
著者: Thangaratnarajah, C. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.
履歴
登録2014年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8412
ポリマ－35,8011
非ポリマー401
水41423
1
A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1
ヘテロ分子

A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6834
ポリマ－71,6032
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area3750 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.450, 54.450, 168.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1 / Mitochondrial aspartate glutamate carrier 1 / Solute carrier family 25 member 12


分子量: 35801.316 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 6-311 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal domain of Aralar / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC25A12, ARALAR1 / プラスミド: pNZ8048
発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 (乳酸菌)
株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: O75746
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 % / 解説: Hexagonal block
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M MIB, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.898 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→28.033 Å / Num. obs: 14197 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P5W

4p5w


解像度: 2.261→28.03 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2741 710 5 %Random selection
Rwork0.2312 ---
obs0.2334 14196 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.261→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 1 23 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5432948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.47768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2613-2.43580.32161510.27442613X-RAY DIFFRACTION100
2.4358-2.68070.27121390.26132650X-RAY DIFFRACTION100
2.6807-3.06820.3171400.25672679X-RAY DIFFRACTION100
3.0682-3.8640.28611430.2452694X-RAY DIFFRACTION100
3.864-28.03550.25291370.21032850X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8359-2.65420.49558.38383.65326.0681-0.30110.1539-1.1250.1778-0.08760.88470.1266-0.86840.21160.38830.084-0.02470.7215-0.01550.5855-18.1835-7.32331.3394
24.01771.12810.03883.08651.47887.93830.3921-0.01440.12980.0217-0.24020.5485-0.4651-1.0094-0.15560.39480.1463-0.04910.5290.02020.5513-17.122213.193321.3447
32.3557-1.31040.75924.0283-0.05483.19880.9955-0.0562-1.51620.62610.06480.23471.9952-0.3513-0.61321.5376-0.12-0.53510.44620.02480.9972-10.4017-4.324737.875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 189 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 294 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る