PDB-4p5w: Structure of the N- and C-terminal domain fusion of the human mit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p5w

タイトル

Structure of the N- and C-terminal domain fusion of the human mitochondrial aspartate/glutamate carrier Citrin in the calcium-bound state

要素

Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2,Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

malate-aspartate shuttle / ATP transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / aspartate transmembrane transport / Aspartate and asparagine metabolism / L-aspartate transmembrane transporter activity / ATP biosynthetic process /

Mitochondrial protein import /

糖新生 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Thangaratnarajah, C. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.S.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Calcium-induced conformational changes of the regulatory domain of human mitochondrial aspartate/glutamate carriers.
著者: Thangaratnarajah, C. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.

履歴

登録	2014年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月13日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p5w.cif.gz	268.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p5w.ent.gz	215.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/4p5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/4p5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p5xC 4p60C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p5x-1 4rg1-d 1i3o-d 4lg3-d 1j4a-1 2bsf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2,Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2

B: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2,Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2

ヘテロ分子

92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.149, 106.167, 117.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2,Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2 / Citrin / Mitochondrial aspartate glutamate carrier 2 / Solute carrier family 25 member 13 分子量: 45980.090 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2-319,Residues 2-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N- and C-terminal domains of Citrin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC25A13, ARALAR2 / プラスミド: pNZ8048 発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 (乳酸菌) 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: Q9UJS0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 % / 解説: Rod
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M sodium malonate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→53.084 Å / Num. obs: 34132 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.4→53.08 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2269	1722	5.05 %	Random selection
R_work	0.1933	-	-	-
obs	0.1949	34079	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4937	0	2	148	5087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.785	6827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.145	1829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4707	0.2997	127	0.2607	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4707-2.5504	0.2938	157	0.2482	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.6416	0.2569	139	0.2402	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6416-2.7473	0.3119	143	0.2343	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.8723	0.2833	158	0.232	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8723-3.0238	0.2907	136	0.2286	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0238-3.2132	0.2562	153	0.2292	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2132-3.4612	0.2431	126	0.2035	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4612-3.8095	0.2015	144	0.1799	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8095-4.3605	0.2241	143	0.1668	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3605-5.4929	0.1798	158	0.1545	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4929-53.0965	0.1784	138	0.1761	2874	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6313	-0.1193	-0.6942	3.1002	0.544	2.9163	0.4044	1.3098	-0.1703	-0.2056	-0.2143	0.5523	0.0611	-0.5242	-0.0835	0.4334	0.0203	-0.0517	0.9219	-0.142	0.5976	-32.8246	-11.1928	9.8393
2	2.7243	0.268	-0.1579	1.7481	0.5301	0.882	0.013	0.373	-0.1937	-0.2985	-0.043	0.171	-0.0677	-0.1855	0.0398	0.3509	0.0481	0.0296	0.4002	-0.0221	0.2802	-8.8473	-11.3875	14.0823
3	1.9318	-0.5415	-0.7778	3.0448	0.6705	2.7448	0.0226	-0.0551	0.0619	0.2465	-0.0171	0.0791	0.0356	-0.0465	-0.0206	0.2928	-0.0139	0.0672	0.2037	-0.0308	0.2547	-1.1544	4.9719	34.0337
4	1.0331	0.9877	0.7617	1.4241	0.8383	0.9918	0.0646	0.0021	0.3111	0.0508	-0.1895	0.4488	-0.1242	-0.2913	0.0267	0.3038	0.0484	0.0484	0.3589	-0.0297	0.4697	-18.6469	0.7977	28.5092
5	2.4628	-1.0703	-1.6543	3.126	1.0187	2.8001	0.1199	-1.288	0.154	0.0762	0.0156	-0.5104	0.267	0.2869	-0.2171	1.0991	0.5607	-0.243	1.7725	-0.2155	0.7348	28.2231	-4.5754	59.6731
6	2.2136	-0.5592	-0.5649	1.5645	0.924	2.4985	-0.1675	-0.347	0.0326	0.3105	0.2554	-0.391	0.081	0.591	-0.076	0.3024	0.0424	-0.0505	0.4388	-0.0044	0.3849	18.876	-6.3728	35.8419
7	2.5477	0.5893	-1.1115	2.9518	-0.7974	2.1127	0.0484	-0.0723	-0.0076	0.1595	-0.0186	0.1084	-0.093	-0.0629	-0.0346	0.3249	-0.0347	0.0753	0.2242	-0.0216	0.3096	-4.0915	-22.7258	31.7552
8	2.2732	0.8663	-0.4376	1.544	0.4931	0.6766	-0.2855	-0.6459	-0.6173	0.4867	0.0688	-0.3321	0.131	0.1013	0.0847	0.624	0.0751	-0.0375	0.39	0.0952	0.336	5.9064	-18.3355	47.2798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 658 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 54 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 55 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 171 through 279 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 280 through 658 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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