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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p54 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Helicobacter pylori MTAN-D198N mutant with 5'-methylthioadenosine in the active site. | ||||||
![]() | Aminodeoxyfutalosine nucleosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / homodimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ronning, D.R. / Mishra, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the Helicobacter pylori MTAN enzyme reveal specific interactions between S-adenosylhomocysteine and the 5'-alkylthio binding subsite. 著者: Mishra, V. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25105.965 Da / 分子数: 1 / 変異: D198N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MTA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25 % (w/v) PEG-3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→24.73 Å / Num. obs: 32308 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.5_2) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NM6 解像度: 1.65→24.73 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 15.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.019 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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