PDB-4p48: The structure of a chicken anti-cardiac Troponin I scFv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p48

タイトル

The structure of a chicken anti-cardiac Troponin I scFv

要素

Antibody scFv 180

キーワード

IMMUNE SYSTEM / recombinant antibody chicken / cardiac troponin I / scFv / immunoglobulin / phage display

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Conroy, P.J. / Law, R.H.P. / Gillgunn, S. / Hearty, S. / Caradoc-Davies, T.T. / Llyod, G. / O'Kennedy, R.J. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Reconciling the structural attributes of avian antibodies.
著者: Conroy, P.J. / Law, R.H. / Gilgunn, S. / Hearty, S. / Caradoc-Davies, T.T. / Lloyd, G. / O'Kennedy, R.J. / Whisstock, J.C.

履歴

登録	2014年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.4	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.5	2017年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p48.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p48.ent.gz	79.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p48_validation.pdf.gz	409.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p48_full_validation.pdf.gz	410.7 KB	表示
XML形式データ	4p48_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	4p48_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p49C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x9q-d 2a9n-1 1oau-3 4rzc-1 1ar2-1 4rzc-3 1a7p-d 4r3s-d 1oar-3 4hue-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody scFv 180

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.780, 58.379, 69.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Antibody scFv 180 分子量: 28494.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pComb3x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.83 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.6 詳細: 0.1M Tris-HCl pH9.6, 0.2M NaOAc, 29% (w/v) PEG 4000 with 0.1M glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953689 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator (Si111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953689 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→19.9 Å / Num. obs: 46638 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.57
反射シェル	解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
Blu-Ice	2.5.1	データ収集
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→19.787 Å / FOM work R set: 0.9077 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1759	2360	5.06 %
R_work	0.156	44278	-
obs	0.157	46638	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.25 Å² / B_iso mean: 10.26 Å² / B_iso min: 1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.35→19.787 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1719	0	361	0	2080
B_iso mean	-	-	21.81	-	-
残基数	-	-	-	-	235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1831
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.27	2500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.606	644

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.35-1.3776	0.2364	138	0.2135	2542	2680
1.3776-1.4075	0.225	120	0.1819	2582	2702
1.4075-1.4402	0.2215	130	0.1792	2605	2735
1.4402-1.4762	0.1742	130	0.1726	2542	2672
1.4762-1.5161	0.1972	140	0.1669	2582	2722
1.5161-1.5607	0.1731	140	0.1568	2605	2745
1.5607-1.6111	0.1888	140	0.1533	2546	2686
1.6111-1.6687	0.1913	143	0.1499	2597	2740
1.6687-1.7354	0.1562	136	0.1517	2578	2714
1.7354-1.8144	0.1786	150	0.1554	2573	2723
1.8144-1.9099	0.1707	139	0.1554	2596	2735
1.9099-2.0295	0.1721	134	0.1488	2607	2741
2.0295-2.186	0.1958	144	0.1494	2594	2738
2.186-2.4057	0.1736	147	0.1594	2619	2766
2.4057-2.753	0.1617	143	0.1604	2640	2783
2.753-3.4654	0.1714	129	0.1574	2695	2824
3.4654-19.7891	0.1598	157	0.1419	2775	2932

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5253	-0.0395	-0.0793	0.4356	0.187	0.0877	-0.0073	0.0264	-0.0538	-0.0338	-0.017	-0.0183	0.0242	0.0608	-0.0009	0.0251	0.0032	0.012	0.0415	0.0095	0.0292	38.72	-10.0283	-2.2047
2	0.3674	-0.1187	-0.152	0.3862	0.071	0.3301	0.0171	-0.0039	0.041	0.0132	-0.0124	0.005	-0.0497	0.003	-0.0039	0.0264	0.0009	0.008	0.0283	0.0075	0.0283	34.9117	1.9691	5.9153
3	0.3932	-0.0177	-0.0308	1.2074	-0.6113	1.0466	0.0194	0.034	0.0141	-0.0173	0.0553	0.2055	-0.0103	-0.18	-0.0338	0.0545	0.0013	0.0276	0.0596	-0.0036	0.0874	20.3838	7.8145	13.1777
4	0.6319	0.1074	-0.1668	0.4278	-0.189	0.5213	0.0486	-0.0161	0.0286	-0.0306	-0.0362	0.0026	-0.0649	0.0589	0.017	0.0371	0.0035	0.0137	0.0248	0.0053	0.0304	33.5808	5.975	8.0865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 33 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 204 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 205 through 219 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 220 through 250 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)