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- PDB-4p46: J809.B5 Y31A TCR bound to IAb3K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p46
タイトルJ809.B5 Y31A TCR bound to IAb3K
要素
  • 3K Peptide,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • J809.B5 TCR Y31A alpha chain (Va2.8)
  • J809.B5 TCR beta chain (Vb8.2)
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR MHCII
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of T cell differentiation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of T cell differentiation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / response to type II interferon / antigen processing and presentation / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / toxic substance binding / PD-1 signaling / negative regulation of T cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / multivesicular body / complement activation, classical pathway / antigen binding / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / adaptive immune response / lysosome / early endosome / blood microparticle / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 1 / H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Synthetic Construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.851 Å
データ登録者Stadinski, B.D. / Huseby, E.S. / Trenh, P. / Stern, L.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of HealthRO1-DK095077 米国
National Institutes of HealthR01-AI-38996 米国
National Institutes of HealthT32 AI 007349 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2014
タイトル: Effect of CDR3 Sequences and Distal V Gene Residues in Regulating TCR-MHC Contacts and Ligand Specificity.
著者: Stadinski, B.D. / Trenh, P. / Duke, B. / Huseby, P.G. / Li, G. / Stern, L.J. / Huseby, E.S.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Other
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: 3K Peptide,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
A: J809.B5 TCR Y31A alpha chain (Va2.8)
B: J809.B5 TCR beta chain (Vb8.2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3014
ポリマ－94,3014
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11010 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area35800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.123, 73.429, 65.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 20242.615 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 27-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14434
#2: タンパク質 3K Peptide,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量: 25094.973 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 30-218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synthetic Construct (人工物), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: H2-Ab1, H2-iabeta
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14483
#3: タンパク質 J809.B5 TCR Y31A alpha chain (Va2.8)


分子量: 22277.682 Da / 分子数: 1 / Mutation: Va2.8 Y31A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 J809.B5 TCR beta chain (Vb8.2)


分子量: 26685.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 100mM NaCitrate, 100mM NaCacodylate, 8% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→44 Å / Num. obs: 27043 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 56.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 0.965 / Net I/av σ(I): 11.589 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 180378
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.86-2.916.60.5313460.70899.7
2.91-2.966.30.43213340.75100
2.96-3.026.50.40813410.7799.9
3.02-3.086.90.35213340.799100
3.08-3.156.80.30613610.955100
3.15-3.226.90.26913161.064100
3.22-3.36.60.2413641.143100
3.3-3.396.40.20213401.151100
3.39-3.496.80.18313411.097100
3.49-3.66.90.16513381.163100
3.6-3.736.60.15713491.044100
3.73-3.886.50.14613601.031100
3.88-4.066.90.13813411.011100
4.06-4.276.80.12613471.029100
4.27-4.546.50.1213500.977100
4.54-4.896.90.11613760.952100
4.89-5.386.50.1113470.942100
5.38-6.166.90.1113660.979100
6.16-7.756.60.10513690.971100
7.75-446.40.09314230.7499.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RDT

3rdt


解像度: 2.851→41.937 Å / FOM work R set: 0.8058 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2467 1267 4.97 %random selection
Rwork0.1813 24244 --
obs0.1846 25511 93.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.08 Å2 / Biso mean: 60.05 Å2 / Biso min: 21.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.851→41.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6273 0 0 0 6273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1768806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8812220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8511-2.96520.34251290.23452498262788
2.9652-3.10010.30751390.22122704284395
3.1001-3.26350.27641450.21182689283495
3.2635-3.46790.28981410.19682673281494
3.4679-3.73550.2731390.18542675281494
3.7355-4.11110.25731440.17822722286694
4.1111-4.70530.21061340.14972714284895
4.7053-5.92550.19511400.15792750289096
5.9255-41.94150.23351560.192819297596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.033-1.6437-1.33895.23311.54114.7103-0.356-0.2714-0.98870.28760.0920.22150.6520.17550.2660.29790.01990.05180.28740.01020.485846.3554-41.8872-13.5614
28.6905-2.679-7.90471.90311.17618.6141-0.07970.9342-0.9504-0.51310.8484-0.84350.60590.508-0.71990.6439-0.27380.11020.8768-0.39760.957962.21-47.0576-29.4272
36.26190.2414-0.26387.13011.35567.13980.47060.1496-0.6547-0.26270.0449-0.17270.3919-0.0754-0.44780.57980.155-0.06560.4826-0.03110.608977.6586-40.8226-30.8857
44.95640.6512-2.30732.04460.00862.27490.1079-0.49420.36290.03520.2027-0.4066-0.42140.7028-0.27590.3712-0.10450.05010.3981-0.15210.399852.3171-19.1146-9.3047
54.8332-2.43880.81156.11680.67923.93880.599-0.03960.0642-0.8913-0.3223-0.0521-0.12270.15-0.2410.5095-0.05830.01560.2747-0.0480.541872.2165-25.2902-31.7339
63.42192.9658-2.88226.6034-4.69845.30010.0055-0.0123-0.10230.1229-0.2220.0796-0.0043-0.33620.10430.29140.0587-0.01360.467-0.0730.265620.4296-24.06066.7435
73.90761.02470.2293.5388-1.46422.91990.1461-0.5728-0.42010.4182-0.0205-0.0236-0.3944-0.5453-0.12520.41860.1298-0.02270.34990.0860.29626.3446-24.552212.1509
80.9676-0.7224-1.75812.8309-0.76865.4705-0.2328-0.9107-0.1390.51790.3047-0.2388-0.29390.9978-0.0750.37410.136-0.08070.60050.060.412334.9507-27.045215.0823
90.89090.9554-0.69291.0150.24543.38320.15110.32730.3567-0.3323-0.09410.1601-0.7274-0.437-0.04360.51560.1450.05780.46420.14770.33923.7762-13.2817-1.5293
106.09742.70340.50067.87580.92759.07180.1309-1.1940.68150.6889-0.06690.53970.7732-0.205-0.07240.29960.11880.07830.4824-0.02140.342817.1678-18.462233.8371
111.32650.031-0.62843.9894-2.88498.63590.0144-0.33840.26470.4108-0.04540.1886-0.944-0.85790.02210.28170.05380.05410.4216-0.0510.278119.989-12.241722.5601
122.012-7.07981.99722.0147.42092.01830.1365-0.53361.01680.402-0.65110.1594-0.8567-0.1820.57490.6382-0.06350.06420.5874-0.15330.895226.8913-7.175732.2739
137.07491.39382.27345.55260.75837.5499-0.1449-0.42390.0284-0.0312-0.16910.1314-0.4298-1.1030.35640.23130.02550.01470.47210.01110.270218.3942-17.95112.6059
142.3052-0.4051-0.09363.1974-2.35338.06680.0707-0.65980.50560.7705-0.02650.316-1.44880.0843-0.04970.56970.03220.08790.5679-0.09720.391619.5351-8.348128.2818
152.863-0.0436-1.60124.89390.70713.21890.0270.20590.0008-0.1023-0.3377-0.0010.2491-0.64050.26370.3179-0.0125-0.06150.3945-0.01130.171423.9149-24.64630.7816
161.72770.2709-0.52524.61730.28943.7974-0.22080.62740.00250.14980.23540.33480.283-0.89460.02710.21440.0321-0.01480.6293-0.03240.350715.2539-27.9078-2.6517
179.4973-3.5048-4.66112.00078.59197.86630.73380.3967-0.585-0.6917-0.36060.8928-0.6983-0.738-0.33480.46540.1469-0.00880.6130.13880.347418.3464-22.2936-13.688
186.5539-1.85410.21618.1653-5.46472.0182-0.1970.32820.34690.2872-0.63-0.54870.9556-0.52530.71260.4436-0.01250.01710.481-0.09310.284524.8106-34.308-8.1713
191.10460.1548-0.49570.0551-0.02947.8312-0.1091-0.1669-0.52080.5767-0.02650.03030.87170.58330.20620.5770.15730.05910.42770.10860.431825.3184-39.186514.8371
205.9999-0.9121-3.93532.97280.92028.5918-0.2189-1.3891-0.0240.25220.02380.16480.04550.74270.20680.34820.0275-0.01340.64140.07910.31078.3056-30.092440.476
213.5581-1.06220.80211.99492.2133.76690.2959-0.2614-1.08590.7451-0.32660.09620.03440.17930.05210.43940.0063-0.10750.3072-0.01610.4977-1.7281-34.76639.4762
222.9780.0668-0.93871.65140.01363.29410.53830.39710.5181-0.08170.13690.0379-0.3937-0.1136-0.61240.27160.039-0.00390.44360.11270.270511.8975-27.100930.5386
232.4568-0.8064-1.24143.84750.73663.7853-0.3388-1.0271-1.08720.5009-0.42450.60981.5144-0.21510.75610.6533-0.03350.17480.8890.18270.51278.3063-37.904542.7792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 104 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 118 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 201 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 119 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 120 through 239 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 0 through 18 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 19 through 35 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 36 through 55 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 56 through 87 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 88 through 101 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 102 through 123 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 124 through 133 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 134 through 146 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 147 through 178 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid -25 through 18 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 19 through 51 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 52 through 64 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 65 through 77 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 78 through 98 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 99 through 134 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 135 through 145 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 146 through 165 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 166 through 191 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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