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- PDB-4p40: Chlamydia pneumoniae CopN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p40
タイトルChlamydia pneumoniae CopN
要素CopN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TTSS / secretion system / Chlamydia / tubulin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / outer membrane / negative regulation of protein secretion / cell surface
類似検索 - 分子機能
: / T3SS, Low calcium response E, third helical domain / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLAMINE / FORMYL GROUP / Low calcium response E
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Nawrotek, A. / Guimaraes, B.G. / Knossow, M. / Gigant, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Biochemical and Structural Insights into Microtubule Perturbation by CopN from Chlamydia pneumoniae.
著者: Nawrotek, A. / Guimaraes, B.G. / Velours, C. / Subtil, A. / Knossow, M. / Gigant, B.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CopN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,18113
ポリマ－46,6521
非ポリマー52912
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.796, 67.970, 85.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CopN / Low Calcium Response E / Low calcium response E / Type III secreted protein SctW


分子量: 46652.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: lcrE, copN, CP_0433, CpB0334, CPn_0324 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3 / 参照: UniProt: Q9Z8L4

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非ポリマー , 5種, 461分子

#2: 化合物
ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DMN / DIMETHYLAMINE / ジメチルアミン


分子量: 45.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Lithium sulfate, 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→41.563 Å / Num. obs: 118161 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.53 % / Net I/σ(I): 10.72
反射 シェル解像度: 1.2→1.28 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータスケーリング
SHELXL精密化
SCALAデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
精密化解像度: 1.2→41.563 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 100 / 位相誤差: 16.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1624 5945 5.03 %
Rwork0.1433 --
obs0.1442 118128 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→41.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 27 449 2688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4353275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.59907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.21360.33671700.33953357X-RAY DIFFRACTION88
1.2136-1.22790.32221880.30623404X-RAY DIFFRACTION91
1.2279-1.24290.30921720.28713462X-RAY DIFFRACTION91
1.2429-1.25860.27821960.25413546X-RAY DIFFRACTION92
1.2586-1.27520.23812080.21733539X-RAY DIFFRACTION95
1.2752-1.29270.23172050.20543672X-RAY DIFFRACTION97
1.2927-1.31110.21331850.18963747X-RAY DIFFRACTION98
1.3111-1.33070.21282050.18533697X-RAY DIFFRACTION97
1.3307-1.35150.19451940.17263726X-RAY DIFFRACTION98
1.3515-1.37370.20422080.17063754X-RAY DIFFRACTION98
1.3737-1.39730.18482140.16463725X-RAY DIFFRACTION98
1.3973-1.42270.18221990.16253744X-RAY DIFFRACTION98
1.4227-1.45010.1812270.14573746X-RAY DIFFRACTION99
1.4501-1.47970.16921860.12643744X-RAY DIFFRACTION98
1.4797-1.51190.14661930.11683779X-RAY DIFFRACTION98
1.5119-1.54710.14912010.113745X-RAY DIFFRACTION98
1.5471-1.58580.12952080.10543718X-RAY DIFFRACTION98
1.5858-1.62860.12651930.09843808X-RAY DIFFRACTION99
1.6286-1.67660.12452040.10493745X-RAY DIFFRACTION98
1.6766-1.73070.12611900.10473798X-RAY DIFFRACTION99
1.7307-1.79250.14861870.10873804X-RAY DIFFRACTION99
1.7925-1.86430.14421980.1163819X-RAY DIFFRACTION99
1.8643-1.94910.14351670.11723846X-RAY DIFFRACTION99
1.9491-2.05190.1411890.11923831X-RAY DIFFRACTION99
2.0519-2.18050.14262210.11823828X-RAY DIFFRACTION99
2.1805-2.34880.12942110.12183845X-RAY DIFFRACTION100
2.3488-2.58510.14262020.12973870X-RAY DIFFRACTION99
2.5851-2.95910.16332090.14723883X-RAY DIFFRACTION99
2.9591-3.72780.15821890.15053950X-RAY DIFFRACTION99
3.7278-41.58820.19512260.17964051X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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