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万見
- PDB-4p3u: Crystal structure of the bacterial A1408U-mutant ribosomal decodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3u
タイトルCrystal structure of the bacterial A1408U-mutant ribosomal decoding site (C2 form 1)
要素5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / ribosome / antibiotic-resistance / aminoglycoside / decoding
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kondo, J. / Koganei, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MEXT23790054 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bacterial A1408U-mutant ribosomal decoding site (C2 form 1)
著者: Kondo, J. / Koganei, M.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6454
ポリマ－29,6454
非ポリマー00
水25214
1
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8232
ポリマ－14,8232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
2
C: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8232
ポリマ－14,8232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.380, 32.730, 80.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*UP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7411.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium Cacodylate, Spermine tetrahydrochloride, PEG3350, Sodium Cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25.6 Å / Num. obs: 7533 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 26787 / Scaling rejects: 201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
3-3.113.570.3772.226357291.1333100
3.11-3.233.590.2422.627327581.151399.9
3.23-3.383.590.1563.326877451.0613100
3.38-3.563.610.1813.426797391.06899.9
3.56-3.783.580.1264.326877460.941599.9
3.78-4.073.560.1115.727157560.962099.9
4.07-4.483.530.106726857550.921799.9
4.48-5.123.540.0888.127187640.8415100
5.12-6.433.510.06911.827247710.811699.9
6.43-25.63.210.03724.325257700.985195.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOLREP位相決定
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→100 Å / FOM work R set: 0.6361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3024 808 10.6 %
Rwork0.2951 6724 -
obs-7532 99.2 %
溶媒の処理Bsol: 69.0349 Å2
原子変位パラメータBiso max: 224.93 Å2 / Biso mean: 142.0724 Å2 / Biso min: 56.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.491 Å20 Å254.464 Å2
2---1.739 Å20 Å2
3---25.231 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1832 0 14 1846
Biso mean---80.9 -
残基数----86
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.287
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2822
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.112.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.110.5907790.6207649X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.230.6184770.53687X-RAY DIFFRACTION99.9
3.23-3.380.5075800.4564662X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.780.3538790.4021662X-RAY DIFFRACTION99.9
3.78-4.070.369840.3543666X-RAY DIFFRACTION99.9
4.07-4.480.2625830.28671X-RAY DIFFRACTION99.9
4.48-5.130.2367780.2495677X-RAY DIFFRACTION99.9
5.13-6.460.2737890.2367675X-RAY DIFFRACTION99.9
6.46-25.60.2143770.1965702X-RAY DIFFRACTION99.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1bru.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_free.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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