PDB-4p2v: Structure of the AI-2 processing enzyme LsrF in complex with the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p2v

タイトル

Structure of the AI-2 processing enzyme LsrF in complex with the product of the LsrG reaction P-HPD

要素

Uncharacterized aldolase LsrF

キーワード

LYASE / Thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxy-5-phosphooxypentane-2,4-dione thiolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Miller, S.T. / Oh, I.K. / Xavier, K.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: LsrF, a coenzyme A-dependent thiolase, catalyzes the terminal step in processing the quorum sensing signal autoinducer-2.
著者: Marques, J.C. / Oh, I.K. / Ly, D.C. / Lamosa, P. / Ventura, M.R. / Miller, S.T. / Xavier, K.B.

履歴

登録	2014年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p2v.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p2v.ent.gz	895.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p2v_validation.pdf.gz	555.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p2v_full_validation.pdf.gz	657.7 KB	表示
XML形式データ	4p2v_validation.xml.gz	117.4 KB	表示
CIF形式データ	4p2v_validation.cif.gz	156.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gkfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3glc-1 3gnd-2 3gnd-1 3gkf-2 3glc-2 3gkf-1 5w1x-2 6igf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Uncharacterized aldolase LsrF

B: Uncharacterized aldolase LsrF

C: Uncharacterized aldolase LsrF

D: Uncharacterized aldolase LsrF

E: Uncharacterized aldolase LsrF

F: Uncharacterized aldolase LsrF

G: Uncharacterized aldolase LsrF

H: Uncharacterized aldolase LsrF

I: Uncharacterized aldolase LsrF

K: Uncharacterized aldolase LsrF

ヘテロ分子

322 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.617, 105.742, 170.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized aldolase LsrF 分子量: 32015.766 Da / 分子数: 10 / 変異: K203A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lsrF, yneB, b1517, JW1510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P76143, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-26T / (3R)-3-hydroxy-2,4-dioxopentyl dihydrogen phosphate 分子量: 212.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 21% PEG 400, 110 mM MgCl2, 1 mM DTT, and 100 mM Tris pH 8.0 well solution. Drop was 1ul protein (7.3mg/ml) and 1 ul well solution.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→49.263 Å / Num. obs: 92529 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.32
反射シェル	解像度: 2.51→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.4909 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: DEV_1626) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GKF

3gkf

解像度: 2.51→49.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 35.16 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	4695	5.07 %	Random Selection
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.237	92513	98.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→49.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21452	0	130	596	22178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	21960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.371	29723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.432	8155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	3339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.5552	0.3295	186	0.3056	4304	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5552-2.6017	0.3252	236	0.3011	4410	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6017-2.6517	0.3657	228	0.3214	4369	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6517-2.7058	0.4026	229	0.3597	4318	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7058-2.7645	0.349	192	0.3029	4357	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7645-2.8288	0.3157	254	0.2908	4420	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8288-2.8995	0.31	238	0.2828	4380	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8995-2.9778	0.3079	240	0.2752	4398	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9778-3.0653	0.3365	273	0.2704	4377	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0653-3.1641	0.3035	213	0.2587	4427	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1641-3.2771	0.2844	242	0.2432	4433	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2771-3.4081	0.298	223	0.2403	4420	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4081-3.5629	0.2897	215	0.2494	4313	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5629-3.7504	0.2901	223	0.2358	4353	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7504-3.9848	0.2694	205	0.224	4357	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9848-4.2915	0.2359	250	0.1953	4398	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2915-4.7216	0.1967	237	0.1857	4413	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7216-5.4009	0.2242	240	0.1956	4436	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4009-6.7896	0.2348	221	0.2201	4459	X-RAY DIFFRACTION	95
6.7896-28.6477	0.2251	240	0.1794	4535	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1243	0.0061	0.0345	0.7179	0.2748	0.6332	0.0184	0.2132	-0.5074	0.0449	0.1507	-0.1022	0.1301	-0.2427	0.2677	0.3035	-0.1829	0.0553	0.2106	-0.2497	0.7967	-23.8183	-51.2613	-31.789
2	0.181	-0.1426	0.1409	1.0055	0.0103	1.485	-0.1226	0.4396	-0.1891	-0.0143	0.0535	0.0765	0.0932	-0.3192	0.0119	0.3037	-0.0938	0.0209	0.3944	-0.2158	0.5217	-34.3645	-39.7851	-38.8899
3	0.2985	0.2177	-0.5971	0.6072	-0.4196	1.1871	0.076	0.1138	-0.2852	-0.0625	0.1176	0.2136	0.3061	-0.243	0.0074	0.3915	-0.3045	0.0452	0.4199	-0.252	0.9203	-39.8016	-56.781	-35.2737
4	1.1737	1.4786	1.6711	4.9666	3.5298	3.0341	-0.0488	-0.0474	-0.0498	-0.0668	0.0099	0.0144	0.1572	-0.0411	0.0657	0.6794	-0.2235	0.0023	0.3098	-0.0741	1.1574	-35.3083	-68.0331	-26.823
5	0.6913	-0.1497	0.2125	0.5236	-0.1999	0.6336	-0.0049	0.1566	0.2903	0.0967	-0.0554	0.0231	0.0108	0.0681	0.0399	0.2086	0.0134	-0.0164	0.1984	-0.0262	0.2723	-19.1147	2.8824	-28.8505
6	0.8861	-0.4418	-0.6016	1.2863	0.3421	1.068	0.0631	0.0356	0.1241	-0.0341	-0.0834	0.3864	-0.1117	-0.1151	-0.0474	0.2415	0	-0.0226	0.2715	-0.0671	0.3919	-32.6474	1.4302	-18.7202
7	0.556	-0.3789	0.2619	0.4504	-0.452	1.3021	0.066	0.116	0.2536	0.0841	-0.0705	0.0267	-0.2357	-0.0825	-0.051	0.3072	0.0187	0.0175	0.2259	-0.1177	0.6289	-27.0908	19.3018	-21.1869
8	0.1266	-0.1456	0.0533	0.3482	0.0291	0.4796	-0.1151	0.5155	0.0136	-0.0214	0.0034	-0.0371	-0.1969	-0.179	0.1074	0.2959	-0.0171	-0.0517	0.6961	0.0517	0.2017	-20.1975	-3.4736	-60.8456
9	0.3442	-0.3342	-0.3385	2.5615	-0.5892	1.0366	0.0892	0.1626	0.096	-0.1307	0.1378	0.2914	0.0541	-0.0824	-0.1393	0.3036	0.0213	-0.0192	0.5872	0.0716	0.1668	-31.3448	2.7574	-50.6758
10	0.2934	-0.0164	0.018	0.4151	-0.3717	0.3333	-0.0002	0.0267	0.0106	-0.0825	-0.1314	0.2911	-0.1575	-0.0797	0.0742	0.2602	0.0624	-0.109	0.9611	0.1712	0.3901	-31.984	7.8701	-67.2642
11	0.1468	-0.0476	0.3614	0.864	-0.1162	0.9104	-0.045	0.5533	0.194	-0.9391	0.0995	0.4681	-0.1418	-0.0697	0.0438	0.7656	0.0927	-0.0505	0.982	0.2335	0.5471	-25.7911	11.3617	-76.9517
12	0.3168	-0.1179	0.0554	0.427	0.0016	0.4041	0.1612	0.7027	-0.3644	-0.1524	-0.0673	0.2774	-0.1269	-0.1106	0.1954	0.1993	-0.1445	-0.0635	0.9814	-0.4268	0.3959	-25.1884	-34.6774	-61.8869
13	0.0595	0.0925	-0.2532	1.1666	-0.2731	1.0938	0.0312	-0.1014	0.1925	0.0287	0.0554	0.4347	-0.0745	-0.4631	-0.0187	0.3281	0.0794	-0.029	0.8338	-0.2337	0.4814	-36.2434	-27.6442	-61.5404
14	0.0758	-0.0898	0.0403	0.1272	-0.0438	0.0516	0.0219	0.1115	-0.3061	-0.1208	-0.0048	0.2392	0.3471	-0.0775	0.0304	0.3723	-0.1009	-0.1564	1.2352	-0.3442	0.4453	-37.8387	-31.4379	-71.9621
15	0.3218	-0.4268	0.4413	1.339	-0.4208	2.467	-0.1256	0.2422	0.0068	-0.4701	0.1297	0.1979	0.0484	-0.0626	-0.016	0.7028	-0.0245	-0.1913	1.1804	-0.4884	0.8078	-34.4859	-46.6304	-80.9748
16	1.4398	-0.8974	0.0023	0.8405	-0.138	0.3812	0.0198	-0.3392	-0.2523	0.1431	0.1342	-0.1907	0.1206	0.1381	-0.0868	0.4505	0.0047	0.0071	0.2338	-0.0613	0.462	-2.0284	-46.2378	-6.3477
17	0.4844	0.0899	-0.0913	0.5706	-0.0923	0.3429	-0.0164	-0.1041	-0.154	0.0089	0.0512	0.1587	0.0356	0.0072	-0.0075	0.2531	-0.0042	-0.0025	0.2291	-0.0152	0.2084	-25.4042	-20.0497	-13.7447
18	0.3576	0.1678	0.0508	2.0722	-0.3249	1.9219	-0.0104	0.0341	-0.308	0.2774	-0.1379	0.4798	-0.0002	-0.5194	0.0958	0.3034	-0.0194	0.0882	0.259	-0.0933	0.661	-34.5783	-26.5015	-15.7933
19	1.1459	0.1226	-0.0999	0.9184	0.1483	0.9881	0.1365	-0.0267	-0.0553	0.0807	-0.1214	0.3428	-0.1009	-0.0987	0.0548	0.2809	-0.0652	0.0689	0.326	-0.0193	0.4743	-37.2164	-34.6799	-11.2874
20	0.3522	-0.7803	-0.1665	2.1856	0.626	0.2254	0.2978	-0.2542	0.0521	0.1754	0.0849	0.1713	0.0281	-0.2108	-0.0916	0.3884	-0.0246	0.1342	0.2963	-0.0198	0.3641	-35.5029	-28.1541	0.51
21	0.4793	-0.0675	0.3401	1.5213	-0.3456	0.8259	-0.1506	-0.3091	0.0324	0.5004	-0.0956	0.0637	-0.0303	0.0457	0.066	0.4916	-0.0069	0.1025	0.3923	0.0149	0.3332	-29.7894	-22.8697	6.7076
22	0.4954	0.1869	0.0699	0.8281	-0.0766	0.3441	-0.0212	-0.0766	-0.1698	-0.0459	0.012	-0.1884	-0.0146	-0.0397	0.0576	0.2578	0.0079	-0.0239	0.1851	-0.0128	0.2335	-0.3907	-23.4858	-13.5027
23	0.466	-0.0427	0.1955	0.6844	-0.5076	1.0013	0.0955	-0.0624	-0.0747	0.1436	-0.0742	0.0439	-0.02	0.1973	0.0522	0.2747	-0.0061	-0.0234	0.1687	-0.0095	0.3251	11.788	-19.8893	-3.5134
24	0.219	-0.2169	-0.0288	0.2456	0.1134	0.3399	-0.0721	0.2644	-0.2764	-0.1616	0.0465	0.0602	0.0683	-0.0341	-0.0174	0.3229	-0.0916	0.1536	0.7063	-0.486	0.2979	-4.2461	-40.0526	-60.7997
25	0.1342	-0.1271	-0.2474	0.1127	0.1699	0.8475	0.058	0.1807	-0.1652	-0.2068	0.0934	-0.328	0.1704	0.09	0.0297	0.4064	-0.0751	0.2732	0.6262	-0.5857	0.6182	7.4346	-51.5987	-59.751
26	0.3822	0.0135	-0.3315	0.4944	-0.2009	1.2705	-0.1826	0.3099	-0.1517	-0.5626	0.1584	-0.1303	0.0998	0.1606	-0.0394	0.6291	0.1304	-0.0585	1.1528	-0.4834	0.7785	2.1797	-50.9959	-77.8866
27	0.2569	-0.1925	0.2451	0.4611	-0.0337	0.4887	0.0187	0.5266	0.1588	-0.0295	0.0392	-0.1905	0.1884	-0.1733	-0.0426	0.202	-0.0466	0.0548	0.8373	-0.0209	0.0939	-0.2212	-9.2331	-61.5745
28	0.7082	0.4005	-0.2668	0.8786	0.2761	0.4179	-0.0094	0.6184	0.0247	-0.3836	-0.0473	-0.2657	-0.1683	0.0416	0.0463	0.4153	-0.0253	0.0718	1.0315	0.083	0.2723	11.2325	-8.7828	-73.3433
29	0.8132	0.051	0.1168	0.4122	-0.2629	0.8837	-0.0449	0.0305	0.3124	0.0355	-0.0408	-0.1477	-0.0394	0.0457	0.0495	0.1916	-0.0373	-0.0053	0.1735	-0.0041	0.31	2.0673	1.1389	-32.4087
30	2.7152	1.0333	-0.6542	1.2101	0.2082	1.6341	0.0556	0.1405	0.1067	0.2023	0.1105	-0.3554	-0.0391	0.2779	-0.0231	0.169	-0.0064	-0.02	0.3941	0.0162	0.3346	15.6892	2.924	-42.3347
31	0.8383	-0.1495	-0.0225	0.6183	-0.7761	1.2944	-0.1374	0.1332	0.4032	0.1847	0.062	-0.1546	-0.2193	0.2496	0.0403	0.3659	-0.0449	-0.0455	0.2506	-0.0018	0.6707	14.4593	16.1816	-28.8394
32	0.4102	0.2106	0.1035	0.6235	-0.0018	0.0621	0.0239	0.1578	-0.5742	0.0414	-0.1225	0.0205	0.1575	-0.0625	-0.0303	0.3262	-0.054	0.0311	-0.0644	-0.2089	0.8033	-4.5082	-48.8414	-30.9294
33	0.3882	-0.1112	0.1667	0.7552	-0.0708	0.1497	0.1529	0.0446	-0.5336	0.0591	0.0037	-0.3333	0.1485	0.1812	-0.0023	0.3898	0.0296	-0.0931	-0.1267	-0.1303	1.0972	5.7958	-58.1109	-23.3616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 197 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 198 THROUGH 261 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 262 THROUGH 289 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 165 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 166 THROUGH 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 217 THROUGH 289 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 9 THROUGH 148 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 149 THROUGH 216 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 217 THROUGH 261 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 262 THROUGH 289 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'D' AND (RESID 9 THROUGH 164 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'D' AND (RESID 165 THROUGH 183 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'D' AND (RESID 184 THROUGH 261 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'D' AND (RESID 262 THROUGH 289 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'E' AND (RESID 9 THROUGH 28 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'E' AND (RESID 29 THROUGH 164 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'E' AND (RESID 165 THROUGH 183 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'E' AND (RESID 184 THROUGH 216 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'E' AND (RESID 217 THROUGH 244 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'E' AND (RESID 245 THROUGH 289 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'F' AND (RESID 10 THROUGH 165 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'F' AND (RESID 166 THROUGH 289 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'G' AND (RESID 9 THROUGH 164 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'G' AND (RESID 165 THROUGH 245 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'G' AND (RESID 246 THROUGH 289 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'H' AND (RESID 9 THROUGH 166 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'H' AND (RESID 167 THROUGH 289 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'I' AND (RESID 9 THROUGH 165 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'I' AND (RESID 166 THROUGH 216 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'I' AND (RESID 217 THROUGH 289 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'K' AND (RESID 9 THROUGH 164 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'K' AND (RESID 165 THROUGH 289 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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