PDB-4p2r: Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p2r

タイトル

Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek

要素

(5cc7 T-cell receptor ...) x 2
5c1 peptide
H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
MHC class II E-beta-k

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / peptide-MHC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / polysaccharide binding / immunological synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.295 Å

データ登録者

Birnbaum, M.E. / Ozkan, E. / Garcia, K.C.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Deconstructing the Peptide-MHC Specificity of T Cell Recognition.
著者: Birnbaum, M.E. / Mendoza, J.L. / Sethi, D.K. / Dong, S. / Glanville, J. / Dobbins, J. / Ozkan, E. / Davis, M.M. / Wucherpfennig, K.W. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2014年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.6	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.7	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.8	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p2r.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p2r.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p2oC 4p2qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v13-d 4p2q-4 6xqp-2 3vxu-1 5u16-1 4pjh-2 6pul-1 5u72-1 5u2v-1 5d7j-1 6amu-d 4eup-1 2ian-1 6pui-2 4pja-2 4p2q-3 7byd-1 4pj8-d 4prh-d 4pjb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (7) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (7)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (7)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)

登録構造単位

A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

B: MHC class II E-beta-k

C: 5c1 peptide

D: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

E: 5cc7 T-cell receptor beta chain

F: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

G: MHC class II E-beta-k

H: 5c1 peptide

I: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

J: 5cc7 T-cell receptor beta chain

K: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

L: MHC class II E-beta-k

M: 5c1 peptide

N: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

O: 5cc7 T-cell receptor beta chain

P: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

Q: MHC class II E-beta-k

R: 5c1 peptide

S: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

T: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

408 kDa, 20 ポリマー
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1

A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

B: MHC class II E-beta-k

C: 5c1 peptide

D: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

E: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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2

F: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

G: MHC class II E-beta-k

H: 5c1 peptide

I: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

J: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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3

K: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

L: MHC class II E-beta-k

M: 5c1 peptide

N: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

O: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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4

P: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

Q: MHC class II E-beta-k

R: 5c1 peptide

S: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

T: 5cc7 T-cell receptor beta chain

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	261.601, 101.867, 214.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS DETERINED BY SURFACE PLASMA RESONANCE

-
タンパク質 , 2種, 8分子 AFKPBGLQ

#1: タンパク質	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain 分子量: 23618.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04224
#2: タンパク質	MHC class II E-beta-k 分子量: 24433.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Eb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31163

-
5cc7 T-cell receptor ... , 2種, 8分子 DINSEJOT

#4: タンパク質	5cc7 T-cell receptor alpha chain 分子量: 22765.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#5: タンパク質	5cc7 T-cell receptor beta chain 分子量: 29610.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 9分子 CHMR

#3: タンパク質・ペプチド

5c1 peptide

分子量: 1383.612 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Potassium citrate, 18% PEG 3350, 4% 1,3 butanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.29→39.81 Å / Num. obs: 84239 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.143 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 3.29→3.36 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 1.356 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 3.295→39.454 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	4213	5 %
R_work	0.2117	-	-
obs	0.2133	84239	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.295→39.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25581	0	70	0	25651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	26332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816	35764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.899	9414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	3889
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.295-3.3323	0.4125	105	0.3562	1967	X-RAY DIFFRACTION	74
3.3323-3.3715	0.3917	139	0.3186	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3715-3.4126	0.3085	133	0.3088	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4126-3.4557	0.3148	128	0.3111	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4557-3.5012	0.2949	157	0.2882	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5012-3.5491	0.2901	131	0.2773	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5491-3.5998	0.3033	143	0.2721	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5998-3.6535	0.3087	110	0.2638	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6535-3.7105	0.2875	117	0.2669	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7105-3.7713	0.2965	140	0.2594	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7713-3.8363	0.2875	145	0.2571	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8363-3.906	0.2871	152	0.2451	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.906-3.981	0.2701	149	0.2344	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.981-4.0622	0.2435	139	0.2266	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0622-4.1504	0.2623	152	0.2291	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1504-4.2469	0.2514	149	0.2122	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2469-4.353	0.2321	133	0.1964	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
4.353-4.4705	0.2015	166	0.182	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4705-4.6019	0.1734	109	0.1712	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6019-4.7502	0.2075	157	0.1706	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7502-4.9196	0.2095	144	0.1728	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9196-5.1162	0.1807	118	0.1771	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1162-5.3485	0.2188	163	0.1845	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3485-5.6298	0.2395	155	0.1929	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6298-5.9813	0.257	152	0.2158	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9813-6.4413	0.2411	141	0.2173	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4413-7.0862	0.2435	149	0.2021	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0862-8.1038	0.2155	154	0.1841	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
8.1038-10.1809	0.226	139	0.1693	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
10.1809-39.4571	0.2377	144	0.2103	2753	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.296	5.2334	0.5008	6.9043	-0.9504	2.906	-0.0699	-0.3326	-0.9252	-0.2507	-0.1706	0.1916	0.1195	0.3251	0.2883	0.8236	0.1943	0.0491	0.6571	0.0275	0.8283	-51.4083	-15.2554	42.4402
2	7.7502	3.973	0.735	6.0518	-0.0575	2.9443	-0.2482	0.9573	-0.5796	-0.9315	0.2513	-0.4309	-0.1313	0.0131	0.0289	0.7358	0.1579	0.0965	0.7356	-0.0258	0.7698	-49.7862	-14.5024	34.7565
3	4.7884	-1.8302	0.4587	4.4598	0.8289	1.5683	-0.2357	-0.2555	-0.7908	-0.0806	0.2394	-0.1703	0.2117	0.3245	-0.08	0.7416	0.159	0.1742	0.7302	0.0978	1.1183	-40.2153	-27.4466	47.1366
4	6.2958	2.6174	0.8617	4.9286	1.9001	4.7048	0.0528	-0.583	-1.5337	0.9991	-0.0416	-1.6116	0.7259	0.263	-0.1233	0.8715	0.3059	0.1134	0.9214	0.1369	1.4502	-33.2305	-34.536	50.8628
5	2.5413	5.9827	0.4773	7.9043	0.8355	2.8299	0.588	-0.5772	0.0192	0.5433	-0.3225	0.4329	-0.1445	0.1934	-0.2838	0.8199	0.1008	-0.0272	0.5707	0.0899	0.7484	-53.2074	-9.5041	47.7278
6	6.5311	-6.0539	1.4072	8.3666	-0.9941	3.3769	-0.2951	-0.4749	0.8563	0.7526	-0.0002	-0.2983	-0.6943	0.0979	0.2313	0.9404	0.0282	0.0329	0.6848	-0.0209	0.7023	-52.8833	2.2107	49.8532
7	3.4247	0.5692	-0.6337	4.2636	0.1874	1.7566	-0.0362	-0.1774	-0.8592	-0.1718	0.1124	1.2091	0.3196	-0.1946	-0.1124	0.7635	0.0613	0.0344	0.6174	0.0708	1.1004	-62.291	-22.7779	44.8404
8	5.8232	1.5599	3.5564	6.6785	-1.2113	7.4442	0.7204	-1.6578	-0.2499	1.3304	-0.3834	1.0549	0.9659	-0.7982	-0.415	1.3146	-0.0676	0.2695	1.0836	0.2115	1.4113	-59.7055	-39.9516	58.3385
9	3.6011	4.5053	-0.4249	6.9843	-1.1887	4.2385	-0.1005	0.6109	0.3896	-0.6896	-0.0962	0.2324	0.0337	-0.182	0.0761	0.7208	0.0945	0.1094	0.7106	0.0284	0.8525	-55.7237	-6.4175	35.2222
10	7.0367	-2.6274	2.7281	6.2137	-4.3277	4.6867	0.0959	0.4415	0.2329	-0.1174	0.0555	0.0834	-0.26	-0.2999	-0.168	0.9256	0.1815	0.0625	0.9196	0.0093	0.7622	-75.8524	7.4065	24.1951
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精密化 TLSグループ

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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid -3 through 10 )
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resid 116 through 198 )
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 19 through 51 )
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 133 through 144 )
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48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resid 178 through 189 )
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60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'P' and (resid 103 through 112 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'P' and (resid 113 through 123 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'P' and (resid 124 through 134 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'P' and (resid 135 through 166 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'P' and (resid 167 through 180 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'Q' and (resid 3 through 32 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'Q' and (resid 33 through 64 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'Q' and (resid 65 through 77 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'Q' and (resid 78 through 132 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'Q' and (resid 133 through 189 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'R' and (resid -3 through 10 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'S' and (resid 0 through 36 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'S' and (resid 37 through 48 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'S' and (resid 49 through 63 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'S' and (resid 64 through 73 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'S' and (resid 74 through 90 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'S' and (resid 91 through 101 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'S' and (resid 102 through 115 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'S' and (resid 116 through 134 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'S' and (resid 135 through 149 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'S' and (resid 150 through 183 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'S' and (resid 184 through 198 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'T' and (resid 3 through 108 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'T' and (resid 109 through 161 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'T' and (resid 162 through 244 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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