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- PDB-4p2c: Complex of Shiga toxin 2e with a neutralizing single-domain antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p2c
タイトルComplex of Shiga toxin 2e with a neutralizing single-domain antibody
要素
  • Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
  • Shiga toxin 2e, subunit A
  • Shiga toxin 2e, subunit B
キーワードTOXIN / Nanobody / Complex / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein conserved site ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Orf protein / rRNA N-glycosylase / Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.818 Å
データ登録者Lo, A.W.H. / Moonens, K. / De Kerpel, M. / Brys, L. / Pardon, E. / Remaut, H. / De Greve, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The Molecular Mechanism of Shiga Toxin Stx2e Neutralization by a Single-domain Antibody Targeting the Cell Receptor-binding Domain.
著者: Lo, A.W. / Moonens, K. / De Kerpel, M. / Brys, L. / Pardon, E. / Remaut, H. / De Greve, H.
履歴
登録2014年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shiga toxin 2e, subunit A
B: Shiga toxin 2e, subunit B
C: Shiga toxin 2e, subunit B
D: Shiga toxin 2e, subunit B
E: Shiga toxin 2e, subunit B
F: Shiga toxin 2e, subunit B
G: Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
H: Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
I: Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
J: Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
K: Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,94711
ポリマ－141,94711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area23670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)191.838, 88.192, 100.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Shiga toxin 2e, subunit A


分子量: 33011.961 Da / 分子数: 1 / 変異: Y99S, E189Q, K296T, P313S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WUF4
#2: タンパク質
Shiga toxin 2e, subunit B / SLT-IIeB / Shiga toxin 2 variant e B-subunit / Shiga toxin 2B subunit / Shiga toxin 2e B / Shiga ...SLT-IIeB / Shiga toxin 2 variant e B-subunit / Shiga toxin 2B subunit / Shiga toxin 2e B / Shiga toxin 2e subunit B / Shiga-like toxin 2B-subunit / Shiga-like toxin IIe variant subunit B / Slt-IIvB / Verotoxin 2e subunit B


分子量: 7590.478 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stxB2e, orf, stx2e B, stx2eB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47644
#3: 抗体
Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region


分子量: 14196.622 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9VYW2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.5 ?L sitting drops and a complex-to-well solution (0.5 M succinic acid pH 7.0, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0) ratio of 1:1 (v/v).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.98
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.818→44.1 Å / Num. obs: 42054 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 7.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1117)精密化
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.818→43.714 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 2105 5.03 %
Rwork0.1865 --
obs0.1898 41831 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.818→43.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9541 0 0 0 9541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34513165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d173481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8181-2.88360.36921410.28582561X-RAY DIFFRACTION99
2.8836-2.95570.35951260.26982599X-RAY DIFFRACTION99
2.9557-3.03560.34341350.25512638X-RAY DIFFRACTION99
3.0356-3.12490.33531290.25392599X-RAY DIFFRACTION99
3.1249-3.22580.32481300.24572611X-RAY DIFFRACTION99
3.2258-3.3410.30961330.22332636X-RAY DIFFRACTION99
3.341-3.47480.30611370.21212619X-RAY DIFFRACTION100
3.4748-3.63280.27131460.20752621X-RAY DIFFRACTION100
3.6328-3.82420.27081360.19452650X-RAY DIFFRACTION99
3.8242-4.06370.23971420.16452636X-RAY DIFFRACTION100
4.0637-4.37720.21771410.14662658X-RAY DIFFRACTION100
4.3772-4.81720.17981500.12992666X-RAY DIFFRACTION100
4.8172-5.51310.18991540.15142675X-RAY DIFFRACTION100
5.5131-6.94140.24441440.17412705X-RAY DIFFRACTION100
6.9414-43.71920.20971610.16082852X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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