登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p2c |
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タイトル | Complex of Shiga toxin 2e with a neutralizing single-domain antibody |
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要素 | - Nanobody 1, Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
- Shiga toxin 2e, subunit A
- Shiga toxin 2e, subunit B
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キーワード | TOXIN / Nanobody / Complex / Lectin |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region類似検索 - 分子機能 OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein conserved site ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 Orf protein / rRNA N-glycosylase / Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_bacteria.gif) Escherichia coli (大腸菌)
![](img/tx_mammal.gif) Lama glama (ラマ) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.818 Å |
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データ登録者 | Lo, A.W.H. / Moonens, K. / De Kerpel, M. / Brys, L. / Pardon, E. / Remaut, H. / De Greve, H. |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: The Molecular Mechanism of Shiga Toxin Stx2e Neutralization by a Single-domain Antibody Targeting the Cell Receptor-binding Domain. 著者: Lo, A.W. / Moonens, K. / De Kerpel, M. / Brys, L. / Pardon, E. / Remaut, H. / De Greve, H. |
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履歴 | 登録 | 2014年3月3日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2014年7月30日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2014年8月13日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2014年10月1日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2017年9月27日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification |
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改定 1.4 | 2023年12月27日 | Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details |
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