PDB-4p29: Crystal structure of the LpoA N-terminal domain from Haemophilus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p29

タイトル

Crystal structure of the LpoA N-terminal domain from Haemophilus influenzae

要素

LpoA

キーワード

PROTEIN BINDING / peptidoglycan synthesis / TPR-like / outer membrane lipoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic side of cell outer membrane / peptidoglycan biosynthetic process / enzyme regulator activity / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.95006475032 Å

データ登録者

Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of theHaemophilus influenzaepeptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A.

履歴

登録	2014年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4p29.ent.gz	222.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p29_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p29_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	4p29_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4p29_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p29	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kcnC 5vatC 5vbgC 2mhk 3ckm C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eta-1 5ltx-2 4gba-2 4fq0-2 4fq0-1 6lyx-d 4rcw-2 7csz-d 2f37-1 2ing-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LpoA

B: LpoA

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: LpoA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LpoA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.030, 51.180, 198.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	LpoA / Activator of bifunctional peptidoglycan synthetase PBP1A / Activator of penicillin-binding protein ...Activator of bifunctional peptidoglycan synthetase PBP1A / Activator of penicillin-binding protein 1A (PBP1A) / Outer membrane lipoprotein LpoA / YraM / HI1655 分子量: 26399.178 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 33-253) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: Rd KW20 / 遺伝子: lpoA, HI_1655 / プラスミド: pETBlue2 / 詳細 (発現宿主): T7 promoter and C-terminal His6 tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.82 % / 解説: unknown
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Drop contained 2 microliters protein and 2 microliters precipitant, and reservoir contained 1 ml of precipitant. Protein:10 mg/ml SeMet-containing LpoA(33-253) in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.1 % ...詳細: Drop contained 2 microliters protein and 2 microliters precipitant, and reservoir contained 1 ml of precipitant. Protein:10 mg/ml SeMet-containing LpoA(33-253) in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.1 % beta-mercaptoethanol, 1 mM EDTA, 0.1 mM benzamidine. Precipitant: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 30% polyethylene monomethyl ether 5000. Cryoprotectant: 10% glycerol in precipitant solution

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.82 % / 解説: unknown

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drop contained 2 microliters protein and 2 microliters precipitant, and reservoir contained 1 ml of precipitant. Protein:10 mg/ml SeMet-containing LpoA(33-253) in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.1 % ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 165 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月5日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→43.24 Å / Num. all: 68969 / Num. obs: 68183 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.42 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.71 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
d*TREK	9.3D	データスケーリング
SOLVE	2.05	位相決定
RESOLVE	2.05	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.95006475032→40.4911951555 Å / SU ML: 0.198001494988 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.40176591844 / 位相誤差: 22.6687988533 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218489952193	3468	5.1006000706 %	Random
R_work	0.1837457267	64524	-	-
obs	0.185541194582	67992	98.6578057664 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.436614756 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95006475032→40.4911951555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3418	0	28	243	3689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00485334397154	3516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.719953716498	4757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0299184064662	542
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00316959475148	622
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0187120549	1335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-1.9768	0.325145151244	138	0.300476422915	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.5591476855
1.9768-2.005	0.336672719627	139	0.277858830539	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.9644507643
2.005-2.0349	0.328512374117	130	0.274054653803	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.9255398362
2.0349-2.0667	0.256550861012	145	0.25394999596	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.9643239386
2.0667-2.1006	0.24404933344	139	0.236667690143	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.8897058824
2.1006-2.1368	0.259916434596	151	0.222269655696	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.8565794191
2.1368-2.1757	0.233114500329	142	0.206106838242	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.7481108312
2.1757-2.2175	0.20568963006	142	0.200892060739	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.7073884418
2.2175-2.2628	0.226771983674	147	0.202278003326	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.8566821928
2.2628-2.312	0.252228765949	153	0.189197129143	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.7420781135
2.312-2.3658	0.279208204318	149	0.181911253111	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.7441520468
2.3658-2.4249	0.194442664081	158	0.186694964991	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.5350500715
2.4249-2.4905	0.232653443097	146	0.181696079188	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.741697417
2.4905-2.5638	0.202238418325	169	0.181378789991	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.7487437186
2.5638-2.6465	0.235991816972	112	0.175954460891	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.7431192661
2.6465-2.7411	0.231132348383	145	0.184051157361	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.4549418605
2.7411-2.8508	0.230766735057	151	0.190550393776	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.2869875223
2.8508-2.9805	0.235953464429	131	0.203544730364	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.7818181818
2.9805-3.1376	0.243254518212	107	0.204293688755	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.0120746432
3.1376-3.3341	0.20343721594	121	0.190106235943	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.0994236311
3.3341-3.5913	0.214206441386	155	0.183866194122	2531	X-RAY DIFFRACTION	98.1008035062
3.5913-3.9525	0.212797611894	131	0.153566728967	2573	X-RAY DIFFRACTION	96.8481375358
3.9525-4.5238	0.186664454444	123	0.142329699783	2511	X-RAY DIFFRACTION	96.1313868613
4.5238-5.6969	0.160932696131	124	0.169130426834	2589	X-RAY DIFFRACTION	97.6953546993
5.6969-40.4999	0.239123612133	120	0.191994307735	2198	X-RAY DIFFRACTION	84.4752186589

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.720547983181	0.132000365706	-0.0860355326346	0.311771181994	0.329042711898	0.171501893234	0.118771515517	-0.130113750436	0.0616203834978	-0.307829734422	-0.0624805535023	0.159450569608	0.92283156764	-0.589495817384	0.00723401589718	0.823846829916	-0.215466420015	-0.0606495008617	0.444611956008	0.0176075813406	0.392063331118	10.2091246845	13.6559686525	9.59838914119
2	0.649858313831	0.0773735116002	0.187087797652	0.302025161824	-0.170581298733	0.268439692667	0.0786320448711	-0.0421872603858	0.173141242599	0.409239691186	-0.0654713643798	0.127713064102	0.488512670188	-0.163275528425	0.00676815446134	0.528926651862	-0.0209051754376	0.0115602494432	0.329220535618	-0.0149166355936	0.374382622829	14.6552741985	24.0308192587	13.06929098
3	0.400307958212	-0.638813901786	0.276043236893	0.0215579043553	-0.539132353941	2.10920493099	0.0401097683786	0.147663062706	0.124756250571	-0.0699763401239	-0.0850107529969	0.00869858876499	0.16542388846	0.069659360369	-3.65384114124E-5	0.320985794771	0.0173488735822	-0.0122757245634	0.329609397208	0.0048078689251	0.395231140812	16.2842811063	32.9709604479	-3.00164677848
4	0.988417225617	-0.447341016385	0.36718671872	0.920993941097	-0.179821204655	1.44444152803	0.258003578563	0.385786995654	0.103410375905	-0.442367143434	-0.283607382037	-0.150619572838	-0.157295853081	-0.0338004573207	-0.000256855444221	0.337747229117	0.0530303909843	-0.0144584239471	0.415472434676	0.0165303410942	0.358668642306	9.60742888395	39.905184459	-20.3887734728
5	0.669664919885	0.205154901296	-0.0983262793875	3.0340405143	0.0912445905769	1.04100007517	-0.02333067355	-0.0522727710167	0.011245639083	0.0800585443152	0.13468965273	-0.0780946298738	-0.487574038745	-1.23941517863	0.182077822017	0.401056430925	0.187043382687	0.031768756498	0.787732865539	0.0588181801121	0.309472970883	-21.7679347451	1.74414876635	60.353496055
6	0.45013903097	-0.0594111944209	0.0257942444788	0.271058155912	-0.164570806538	0.875843302218	-0.0712990815575	0.461271974801	-0.392186972941	0.161208382684	0.214954232105	-0.306646545907	0.424761411392	0.0314421454551	0.0122384689525	0.369865816045	-0.0239159766365	-0.0149280651231	0.424095125652	0.00219353057797	0.413638394949	-8.56351809873	-6.60454906562	55.1768488519
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8	1.1459931356	1.57286520068	0.248615991219	1.60465359523	-0.641154801378	1.66231246968	-0.340189763728	0.254494716901	0.0278052541263	-0.22180738745	0.193407557783	0.0414641187943	0.0542884141537	-0.037536887282	-7.46982750987E-5	0.406411515364	-0.032563982191	0.0385186351783	0.307311640108	-0.00877630478612	0.369924911148	-0.367896443072	7.06257072132	32.2700062805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 33:75)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 76:111)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 112:187)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 188:248)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 33:103)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 104:133)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 134:166)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 167:249)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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