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- PDB-4p25: Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p25
タイトルStructure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in complex with LeY HBGA.
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / P domain / Capsid protein / Norovirus / HBGA / LeY / Lewis HBGA
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lewis Y antigen, beta anomer / Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4991 Å
データ登録者Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R. / Estes, M. / Prasad, B.V.V.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of determinants of histo-blood group antigen binding specificity in genogroup I noroviruses.
著者: Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.
履歴
登録2014年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 2.02019年11月27日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref.biol_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4578
ポリマ－130,7544
非ポリマー2,7034
水21,2221178
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7284
ポリマ－65,3772
非ポリマー1,3512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
2
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7284
ポリマ－65,3772
非ポリマー1,3512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.314, 63.124, 90.580
Angle α, β, γ (deg.)72.80, 82.18, 60.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 32688.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8FL04
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Lewis Y antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 675.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis Y antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-2/a3-b1_a4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium Formate 0.1M Bis Tris Propane 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.97939 Å
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→40 Å / Num. obs: 176762 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 28.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.4991→38.996 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1745 8552 5.01 %
Rwork0.1342 --
obs0.1362 170635 92.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4991→38.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8793 0 184 1178 10155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16112669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1323375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4991-1.51610.2411130.1542303X-RAY DIFFRACTION39
1.5161-1.53390.23241960.15443633X-RAY DIFFRACTION63
1.5339-1.55260.22582460.14564810X-RAY DIFFRACTION82
1.5526-1.57230.22013200.14135330X-RAY DIFFRACTION92
1.5723-1.5930.21672860.13165535X-RAY DIFFRACTION94
1.593-1.61480.20292890.12835528X-RAY DIFFRACTION95
1.6148-1.63790.19813260.12825530X-RAY DIFFRACTION95
1.6379-1.66230.20162800.12735578X-RAY DIFFRACTION95
1.6623-1.68830.19032880.12375600X-RAY DIFFRACTION95
1.6883-1.7160.19473080.12615605X-RAY DIFFRACTION96
1.716-1.74560.19743080.12065564X-RAY DIFFRACTION96
1.7456-1.77730.18123060.12075619X-RAY DIFFRACTION96
1.7773-1.81150.1862940.11195615X-RAY DIFFRACTION96
1.8115-1.84850.1822890.10915615X-RAY DIFFRACTION96
1.8485-1.88870.16653030.10985631X-RAY DIFFRACTION96
1.8887-1.93260.1812920.12015630X-RAY DIFFRACTION96
1.9326-1.98090.18283020.11345656X-RAY DIFFRACTION97
1.9809-2.03450.16572720.11455686X-RAY DIFFRACTION97
2.0345-2.09430.19772640.12425704X-RAY DIFFRACTION97
2.0943-2.16190.15622910.1175723X-RAY DIFFRACTION97
2.1619-2.23920.18283050.12015666X-RAY DIFFRACTION97
2.2392-2.32880.18342790.1285721X-RAY DIFFRACTION97
2.3288-2.43480.17373070.13145698X-RAY DIFFRACTION98
2.4348-2.56320.17442750.14135713X-RAY DIFFRACTION98
2.5632-2.72370.17723340.14365725X-RAY DIFFRACTION98
2.7237-2.9340.17073080.14335706X-RAY DIFFRACTION98
2.934-3.22910.15913010.14055647X-RAY DIFFRACTION97
3.2291-3.6960.1642970.13955441X-RAY DIFFRACTION93
3.696-4.65540.14652660.13745280X-RAY DIFFRACTION90
4.6554-39.00920.16493070.16975591X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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