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- PDB-4p1w: Crystal structure of Atg13(17BR)-Atg17-Atg29-Atg31 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1w
タイトルCrystal structure of Atg13(17BR)-Atg17-Atg29-Atg31 complex
要素
  • Atg13 17BR
  • Atg17
  • Atg29
  • Atg31
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / autophagosome assembly / mitophagy / autophagy / protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2570 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2570 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / HORMA domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / KLTH0C07942p / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Lachancea thermotolerans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fujioka, Y. / Noda, N.N.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25111004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24113725 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)2440279 日本
Japan Science and Technology 日本
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of starvation-induced assembly of the autophagy initiation complex.
著者: Fujioka, Y. / Suzuki, S.W. / Yamamoto, H. / Kondo-Kakuta, C. / Kimura, Y. / Hirano, H. / Akada, R. / Inagaki, F. / Ohsumi, Y. / Noda, N.N.
履歴
登録2014年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Data collection
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 2.02020年1月8日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site_anisotrop / entity_src_gen ...atom_site_anisotrop / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / symmetry
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.strain / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal / _symmetry.Int_Tables_number
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / refine / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atg29
B: Atg31
C: Atg17
D: Atg29
E: Atg31
F: Atg17
G: Atg13 17BR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4207
ポリマ－148,4207
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area65560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.348, 63.989, 184.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETUNKUNKAA1 - 801 - 72
21METMETUNKUNKDD1 - 801 - 72
12VALVALHISHISBB9 - 1469 - 146
22VALVALHISHISEE9 - 1469 - 146
13GLUGLUVALVALCC3 - 4133 - 413
23GLUGLUVALVALFF3 - 4133 - 413

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.184357, 0.03621, 0.982192), (0.012573, -0.999326, 0.034482), (0.982779, 0.005992, -0.184688)-146.11906, 10.05077, 164.68086
3given(1), (1), (1)
4given(0.203793, 0.027896, 0.978616), (0.011112, -0.999596, 0.02618), (0.978951, 0.005539, -0.204021)-143.06944, 11.56133, 167.79596
5given(1), (1), (1)
6given(0.243241, -0.021283, 0.969732), (-0.033847, -0.999337, -0.013443), (0.969375, -0.029553, -0.2438)-135.83395, 12.86959, 173.97768

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要素

#1: タンパク質 Atg29 / KLTH0C07942p


分子量: 7722.015 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-86 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (菌類) / 株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / 遺伝子: KLTH0D11660g / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5DF24
#2: タンパク質 Atg31 / KLTH0D11660p


分子量: 17387.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (菌類) / 株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / 遺伝子: KLTH0C07942g / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5DEB9
#3: タンパク質 Atg17 / KLTH0D15642p


分子量: 48312.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (菌類) / 株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / 遺伝子: KLTH0D15642g / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: C5DFJ6
#4: タンパク質・ペプチド Atg13 17BR / KLTH0A00704p


分子量: 1575.774 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 392-404 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lachancea thermotolerans (菌類) / 参照: UniProt: C5DB94
配列の詳細The crystallized sequence for chains A and D is ...The crystallized sequence for chains A and D is MNSENTIVYVRVAGRARNGFVDPLKFYWDLERDRSLWSSVSKLDNTKKTIDWKRLSREFKAPEHFIRKRSYALFAKHLKLLERQIE, the C-terminal fragment is disordered, it was not possible to assign the identity to some residues, they are listed as UNK residues in the sequence and coordinates.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 8% PEGMME 5000, 0.1M TrisHCl / PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 54575 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/av σ(I): 20.3 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hpq

4hpq


解像度: 3.2→44.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 47.428 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.905 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29251 4975 10.1 %RANDOM
Rwork0.25693 ---
obs0.26058 44114 89.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.403 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.95 Å20 Å25.27 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----6.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8904 0 0 0 8904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0199028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.94912275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.827319406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69151176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.85425.47415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.159151398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6171542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4929.3594755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4929.3584754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.79914.0265914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.79814.0275915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6259.4684273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6249.4694274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.21914.0896362
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.76173.17710374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.76173.18310375
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A297MEDIUM POSITIONAL0.330.5
1A297MEDIUM THERMAL62
2B1634MEDIUM POSITIONAL0.360.5
2B1634MEDIUM THERMAL8.612
3C5221MEDIUM POSITIONAL0.630.5
3C5221MEDIUM THERMAL10.322
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 268 -
Rwork0.44 2568 -
obs--72.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5777-0.62140.93743.265-1.26110.8325-0.2824-0.19960.25620.47590.18970.1316-0.318-0.11240.09270.2583-0.06820.04680.14630.00710.275213.303723.337820.0661
20.17480.1625-0.33851.9977-0.86171.0901-0.0575-0.091-0.00410.0165-0.0775-0.1455-0.11990.1070.1350.28110.05390.05750.0626-0.03210.16278.09319.295514.7288
30.0565-0.01220.04510.1563-0.04660.2018-0.0437-0.0153-0.0031-0.015-0.0672-0.01010.07130.05290.11090.1630.01410.11260.07320.0180.1032-8.5591-2.852132.5343
43.63610.21920.01512.6252-0.08650.10470.0109-0.0276-0.01-0.20780.1458-0.1629-0.01710.1207-0.15670.3024-0.0085-0.00580.45320.06530.5117-111.2712-8.2562183.2314
51.07850.407-1.19891.7804-1.19342.21470.1139-0.1694-0.24060.0417-0.1129-0.04290.03140.1694-0.0010.1433-0.08010.06540.1485-0.05430.4442-119.56325.8953179.3538
60.51170.0555-0.22470.1990.01810.24930.1857-0.22670.25710.02070.0060.0885-0.12470.143-0.19160.1426-0.02520.17840.2021-0.05290.2552-103.22518.2123155.355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 413
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5E9 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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