PDB-4p0h: Crystal Structure Analysis of Macrophage Migration Inhibitory Fac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p0h

タイトル

Crystal Structure Analysis of Macrophage Migration Inhibitory Factor in complex with Dimethylformamide

要素

Macrophage migration inhibitory factor

キーワード

ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / inhibitor / trimer / complex / active site / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Pantouris, G. / Lolis, E.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: An Analysis of MIF Structural Features that Control Functional Activation of CD74.
著者: Pantouris, G. / Syed, M.A. / Fan, C. / Rajasekaran, D. / Cho, T.Y. / Rosenberg, E.M. / Bucala, R. / Bhandari, V. / Lolis, E.J.

履歴

登録	2014年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2024年12月25日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p0h.cif.gz	84.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p0h.ent.gz	63.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p0h_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p0h_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	4p0h_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	4p0h_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p01C 4pkzC 4pluC 4trfC 4truC 4xx7C 4xx8C 5bs9C 5bscC 5bsiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oy8-d 3ijg-d 4plu-d 6fvh-d 1cgq-d 6oyg-d 5bsj-d 5umj-d 5v73-d 3smb-d 6b1c-d 2ooh-d 4grq-d 4grp-d 5umk-d 5bs9-d 3smc-d 1mff-d 5eiz-d 4gro-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrophage migration inhibitory factor

B: Macrophage migration inhibitory factor

C: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

37.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.794, 95.794, 103.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 114 / Label seq-ID: 1 - 114

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase 分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / プラスミド: pET11b / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物	ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド分子量: 73.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium Sulphate, 3% 2-propanol,20 mM Tris.HCl pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月13日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 41870 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Χ²: 0.87 / Net I/av σ(I): 43.021 / Net I/σ(I): 26.8 / Num. measured all: 276840

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	6.4	0.131	2062	0.95	100
1.96-2	6.5	0.115	2077	0.936	100
2-2.04	6.5	0.104	2054	0.964	100
2.04-2.08	6.5	0.094	2097	1.088	100
2.08-2.12	6.6	0.084	2025	0.993	100
2.12-2.17	6.6	0.077	2108	1.038	100
2.17-2.23	6.6	0.071	2050	1.01	100
2.23-2.29	6.6	0.063	2060	0.968	100
2.29-2.36	6.6	0.057	2086	0.98	100
2.36-2.43	6.6	0.051	2068	0.9	100
2.43-2.52	6.7	0.047	2104	0.826	100
2.52-2.62	6.7	0.044	2058	0.887	100
2.62-2.74	6.7	0.037	2102	0.876	100
2.74-2.88	6.7	0.032	2100	0.754	100
2.88-3.06	6.7	0.03	2085	0.797	100
3.06-3.3	6.7	0.027	2112	0.733	100
3.3-3.63	6.7	0.024	2110	0.669	100
3.63-4.16	6.7	0.024	2144	0.627	100
4.16-5.24	6.7	0.024	2128	0.744	99.9
5.24-50	6.3	0.022	2240	0.714	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 1.93→47.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 2.228 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	2109	5 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.178	41833	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→47.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2510	0	48	337	2895
B_iso mean	-	-	31.78	31.8	-
残基数	-	-	-	-	342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.836	1.969	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.01	3.004	5617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.729	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.931	24.592	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.246	15	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.769	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.67	1.641	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.668	1.641	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.189	2.451	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5770	0.13
1	2	B	5770	0.13
2	1	A	5829	0.1
2	2	C	5829	0.1
3	1	B	5723	0.12
3	2	C	5723	0.12

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	159	-
R_work	0.185	2880	-
obs	-	-	99.51 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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