[日本語] English
万見
- PDB-4p08: Engineered thermostable dimeric cocaine esterase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p08
タイトルEngineered thermostable dimeric cocaine esterase
要素Cocaine esterase
キーワードHYDROLASE / esterase / disulfide-linked dimer / cocaine / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


cocaine esterase / cocaine catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like ...alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.341 Å
データ登録者Rodgers, D.W. / Chow, K.-M. / Fang, L. / Zhan, C.-G.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA035552 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA032910 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA013930 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA025100 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103486 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Rational design, preparation, and characterization of a therapeutic enzyme mutant with improved stability and function for cocaine detoxification.
著者: Fang, L. / Chow, K.M. / Hou, S. / Xue, L. / Chen, X. / Rodgers, D.W. / Zheng, F. / Zhan, C.G.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cocaine esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9451
ポリマ－61,9451
非ポリマー00
水7,728429
1
A: Cocaine esterase

A: Cocaine esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8902
ポリマ－123,8902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area2380 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area38600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.647, 106.647, 220.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-694-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cocaine esterase


分子量: 61945.078 Da / 分子数: 1 / 変異: T172R, G173Q, L196C, I301C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: MB1 / 遺伝子: cocE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9L9D7, cocaine esterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M phosphate-citrate (pH 4.2), 1.6 M sodium dihydrogen phosphate, and 0.4 M di-potassium hydrogen phosphate (JCSG IV # 94)

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 32017 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 28.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 1.107 / Net I/av σ(I): 19.611 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 561710
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.34-2.429.930561.08797.4
2.42-2.5215.631241.06799.80.845
2.52-2.6418.431421.091000.704
2.64-2.7718.731401.141000.506
2.77-2.9518.631761.1721000.354
2.95-3.1818.631661.1731000.235
3.18-3.518.531991.1071000.144
3.5-418.632241.0651000.098
4-5.0418.932951.0621000.08
5.04-5019.134951.0999.50.058

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å33.28 Å
Translation2.8 Å33.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.341→33.28 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 1525 5 %random
Rwork0.1769 28978 --
obs0.1791 30503 95.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76 Å2 / Biso mean: 27.7686 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.341→33.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4364 0 0 429 4793
Biso mean----99999 -
残基数----571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8936114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9911583
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3414-2.4170.33221250.24982282240784
2.417-2.50330.29611270.23272407253489
2.5033-2.60350.29661290.21642505263492
2.6035-2.72190.25971260.19682544267093
2.7219-2.86540.26151400.18992586272696
2.8654-3.04480.22081410.19342649279097
3.0448-3.27970.2021420.19162689283198
3.2797-3.60940.23281420.16762727286999
3.6094-4.13080.20461470.15152764291199
4.1308-5.20120.18261470.13682812295999
5.2012-33.28380.18571590.177130133172100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01030.00670.0040.00930.00730.02710.0359-0.013-0.0478-0.01990.1014-0.0973-0.02490.17680.125-0.0378-0.2085-0.09910.0163-0.25740.040759.693133.8643-4.9778
20.0864-0.0092-0.04840.10350.0570.26590.1391-0.1358-0.1621-0.00050.1402-0.1603-0.01290.13230.47080.0675-0.0016-0.09360.0289-0.0550.247948.761221.79510.1091
30.27560.01450.15110.30140.150.37930.127-0.1831-0.01760.0078-0.0575-0.1085-0.0362-0.21680.28040.0928-0.02-0.0070.12350.02370.062228.4227.57180.3155
40.0065-0.00560.02070.016-0.01720.02570.0993-0.2065-0.10630.1443-0.103-0.02620.0757-0.1741-0.04870.2252-0.0923-0.05040.2930.0850.218421.286417.218710.3504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 103 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 213 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 214 through 535 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 536 through 574 )A0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る