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万見
- PDB-4ozs: RNA binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozs
タイトルRNA binding protein
要素Alpha solenoid protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA / Specificity
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Gully, B.S. / Bond, C.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The design and structural characterization of a synthetic pentatricopeptide repeat protein.
著者: Gully, B.S. / Shah, K.R. / Lee, M. / Shearston, K. / Smith, N.M. / Sadowska, A. / Blythe, A.J. / Bernath-Levin, K. / Stanley, W.A. / Small, I.D. / Bond, C.S.
履歴
登録2014年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _software.classification
改定 2.02018年8月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha solenoid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4811
ポリマ－19,4811
非ポリマー00
水81145
1
A: Alpha solenoid protein

A: Alpha solenoid protein

A: Alpha solenoid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4423
ポリマ－58,4423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+3/2,-y,z+1/21
crystal symmetry operation2_654-x+3/2,-y,z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)54.025, 75.023, 85.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha solenoid protein


分子量: 19480.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.35
詳細: Diffraction quality crystals grew from 3 uL drops in 24-well sitting drop Cryschem plates (Hampton Research) in 2:1 ratios of crystallant 100 mM Sodium citrate pH 3.35, 8 % (w/v) PEG 3350 and ...詳細: Diffraction quality crystals grew from 3 uL drops in 24-well sitting drop Cryschem plates (Hampton Research) in 2:1 ratios of crystallant 100 mM Sodium citrate pH 3.35, 8 % (w/v) PEG 3350 and protein equilibrated against 1 mL of crystallant at 293 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.980, 0.954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日
放射プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.9541
反射解像度: 2.17→56.28 Å / Num. all: 37530 / Num. obs: 18791 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.01873 / Net I/σ(I): 24.44
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3134 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 98.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.17→56.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.134 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26549 966 5.1 %RANDOM
Rwork0.21691 ---
obs0.21933 17825 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.17→56.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1365 0 0 45 1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4422.0121863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5395176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.57626.72161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.67915282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.426155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.229 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 59 -
Rwork0.289 1155 -
obs--97.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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