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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ozb | |||||||||
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タイトル | Backbone Modifications in the Protein GB1 Helix: beta-ACPC24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-ACPC35 | |||||||||
要素 | Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-ACPC24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-ACPC35 | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / unnatural backbone | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptococcus sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Reinert, Z.E. / Horne, W.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2014 タイトル: Folding Thermodynamics of Protein-Like Oligomers with Heterogeneous Backbones. 著者: Reinert, Z.E. / Horne, W.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ozb.cif.gz | 58.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ozb.ent.gz | 43.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ozb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ozb_validation.pdf.gz | 442.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ozb_full_validation.pdf.gz | 443.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ozb_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ozb_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6246.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptococcus sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P19909*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20% v/v isopropanol, 20% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→22.75 Å / Num. obs: 10465 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.41 % / Biso Wilson estimate: 19.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.16 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 46515 / Scaling rejects: 349 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2QMT 解像度: 1.8→22.753 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.35 Å2 / Biso mean: 24.2668 Å2 / Biso min: 8.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→22.753 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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