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万見
- PDB-4oys: CRYSTAL STRUCTURE OF VPS34 IN COMPLEX WITH SAR405. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oys
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VPS34 IN COMPLEX WITH SAR405.
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードLIPID KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phagophore assembly site / autolysosome / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Macroautophagy / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / axoneme / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome maturation / autophagosome assembly / PI3K Cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / macroautophagy / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / autophagy / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / peroxisome / late endosome / kinase activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / protein kinase activity / endosome / cell cycle / phosphorylation / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1TT / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mathieu, M. / Marquette, J.p.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A highly potent and selective Vps34 inhibitor alters vesicle trafficking and autophagy.
著者: Ronan, B. / Flamand, O. / Vescovi, L. / Dureuil, C. / Durand, L. / Fassy, F. / Bachelot, M.F. / Lamberton, A. / Mathieu, M. / Bertrand, T. / Marquette, J.P. / El-Ahmad, Y. / Filoche-Romme, B. ...著者: Ronan, B. / Flamand, O. / Vescovi, L. / Dureuil, C. / Durand, L. / Fassy, F. / Bachelot, M.F. / Lamberton, A. / Mathieu, M. / Bertrand, T. / Marquette, J.P. / El-Ahmad, Y. / Filoche-Romme, B. / Schio, L. / Garcia-Echeverria, C. / Goulaouic, H. / Pasquier, B.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年3月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4286
ポリマ－68,5971
非ポリマー8305
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.810, 145.700, 61.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase ...PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 68597.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 282-879 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3,VPS34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-1TT / (8S)-9-[(5-chloranylpyridin-3-yl)methyl]-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9a-tetrahydro-3H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one


分子量: 445.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23ClF3N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→89.91 Å / Num. obs: 18671 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 66.27 Å2 / Rsym value: 0.209 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROCESSデータ削減
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house

解像度: 2.9→72.85 Å / SU R Cruickshank DPI: 1.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 1.784 / SU Rfree Blow DPI: 0.349 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.354
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1002 5.38 %Random selection
Rwork0.18 ---
obs-18629 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.1374 Å20 Å20 Å2
2--6.588 Å2-
3---20.5495 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.352 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→72.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4469 0 50 16 4535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONBOND LENGHTS0.01
X-RAY DIFFRACTIONBOND ANGLES1.13
X-RAY DIFFRACTIONPEPTIDE OMEGA TORSION ANGLES2.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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