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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oy3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Helicobacter pylori MTAN-D198N mutant with S-Adenosylhomocysteine in the active site | ||||||
要素 | Aminodeoxyfutalosine nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Homodimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Mishra, V. / Ronning, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Crystal structures of the Helicobacter pylori MTAN enzyme reveal specific interactions between S-adenosylhomocysteine and the 5'-alkylthio binding subsite. 著者: Mishra, V. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4oy3.cif.gz | 115.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4oy3.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4oy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/4oy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/4oy3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25105.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-230 / 変異: D198N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: mtnN, mtn, jhp_0082 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q9ZMY2, aminodeoxyfutalosine nucleosidase, アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 30 % (v/v) PEG-MME 550. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 75266 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1839) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→22.019 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→22.019 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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