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- PDB-4oxm: CRYSTAL STRUCTURE OF Central Coiled-Coil from Influenza Hemagglut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oxm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF Central Coiled-Coil from Influenza Hemagglutinin HA2 without Heptad Repeat Stutter
要素HA2-Del
キーワードVIRAL PROTEIN / coiled-coil / Influenza / Hemagglutinin / Stutter
機能・相同性Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / Truncated hemagglutinin
機能・相同性情報
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Higgins, C.D. / Lai, J.R. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF Central Coiled-Coil from InfluenzaHemagglutinin HA2 without Heptad Repeat Stutter
著者: Malashkevich, V.N. / Higgins, C.D. / Lai, J.R. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_database_status ...citation / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年3月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HA2-Del
B: HA2-Del
C: HA2-Del


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8253
ポリマ－13,8253
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.424, 58.424, 66.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-113-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYSAA43 - 823 - 38
21GLYGLYLYSLYSBB43 - 823 - 38
12TRPTRPTYRTYRAA42 - 832 - 39
22TRPTRPTYRTYRCC42 - 832 - 39
13GLYGLYLYSLYSBB43 - 823 - 38
23GLYGLYLYSLYSCC43 - 823 - 38

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド HA2-Del


分子量: 4608.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: A8TXX2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Li-sulfate, 0.1M sodium-cacodylate:HCl, pH 6.5, 30% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 10677 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.134 / Net I/av σ(I): 25 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 109811
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.9310.30.6295471.179100
1.93-1.9711.10.5115121.281100
1.97-2.0111.70.4245441.232100
2.01-2.0511.50.325261.287100
2.05-2.0911.70.2675381.272100
2.09-2.1411.50.2265161.3100
2.14-2.1911.50.195331.219100
2.19-2.2511.30.1655551.214100
2.25-2.3211.30.155371.172100
2.32-2.3911.10.1275271.033100
2.39-2.48110.1185521.168100
2.48-2.5810.90.0995181.054100
2.58-2.710.70.0945501.114100
2.7-2.8410.40.0845231.0399.6
2.84-3.0210.10.0735500.92399.1
3.02-3.259.40.0675410.92597.8
3.25-3.588.20.0615311.01396.7
3.58-4.097.30.0565390.91296.8
4.09-5.167.60.0545340.97296
5.16-5070.0575041.10682.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED STRUCTURE

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.276 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27156 511 4.8 %RANDOM
Rwork0.21106 ---
obs0.21382 10144 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0.69 Å20 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---4.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数964 0 0 70 1034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.019981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.9491306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.51332202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3465112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69625.59359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.62215202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.941156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5122.883453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5182.877452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0714.249559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0694.257560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5813.647528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5673.649528
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1925.228746
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.96225.5151224
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.96225.1931201
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A15890.2
12B15890.2
21A15500.24
22C15500.24
31B15200.22
32C15200.22
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 39 -
Rwork0.281 764 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90266.11950.320112.93690.69890.0801-0.08140.0480.1073-0.15420.06130.2542-0.0371-0.0350.02010.0643-0.01070.00020.0720.00540.0641-1.06134.7848.768
211.151112.35962.182617.45383.30912.01110.01770.15260.1681-0.13640.04450.3228-0.1657-0.0477-0.06230.16060.0185-0.01670.1296-0.00370.02342.10535.9570.253
32.82866.16242.738116.78577.71544.5474-0.13540.2497-0.0635-0.01440.2917-0.28170.00380.2675-0.15630.051-0.0066-0.00390.10370.00840.0097.96131.8335.511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3C42 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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