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- PDB-4oxi: Crystal structure of Vibrio cholerae adenylation domain AlmE in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oxi
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae adenylation domain AlmE in complex with glycyl-adenosine-5'-phosphate
要素Enterobactin synthetase component F-related protein
キーワードLIGASE / Adenylation domain / Glycine / ATP / Glycyl-adenosine-5'-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCYL-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE / Enterobactin synthetase component F-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.261 Å
データ登録者Fage, C.D. / Henderson, J.C. / Keatinge-Clay, A.T. / Trent, M.S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106112 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI064184 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI76322 米国
Army Research OfficeW911NF-12-1-0390 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Antimicrobial peptide resistance of Vibrio cholerae results from an LPS modification pathway related to nonribosomal peptide synthetases.
著者: Henderson, J.C. / Fage, C.D. / Cannon, J.R. / Brodbelt, J.S. / Keatinge-Clay, A.T. / Trent, M.S.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / symmetry
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enterobactin synthetase component F-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7712
ポリマ－65,3671
非ポリマー4041
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.039, 116.039, 99.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Enterobactin synthetase component F-related protein


分子量: 65366.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_1579 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KRQ7
#2: 化合物 ChemComp-GAP / GLYCYL-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE / グリシン5′-アデニリル


分子量: 404.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N6O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % / 解説: Rod-shaped
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 36632 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.26-2.3100.9163.618001.497100
2.3-2.3410.30.68218071.348100
2.34-2.3910.40.57818191.211100
2.39-2.4310.40.49717971.18100
2.43-2.4910.50.41518141.125100
2.49-2.5510.60.35418221.11100
2.55-2.6110.60.31817951.081100
2.61-2.6810.60.2918241.396100
2.68-2.7610.70.23518201.026100
2.76-2.8510.80.18618030.929100
2.85-2.9510.90.15918320.861100
2.95-3.07110.12518300.792100
3.07-3.21110.10618210.722100
3.21-3.3811.10.10218270.741100
3.38-3.59110.09818330.857100
3.59-3.8610.20.08418470.81100
3.86-4.2511.10.06818420.69100
4.25-4.8711.10.05118550.406100
4.87-6.1311.10.0518800.389100
6.13-5010.60.04419640.31899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PheA (PDB 1AMU, residues 17-428)

1amu


解像度: 2.261→37.785 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1927 1829 5 %Random selection
Rwork0.1662 ---
obs0.1676 36586 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.261→37.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4214 0 27 157 4398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0855918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.581574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2608-2.32190.23761320.20662658X-RAY DIFFRACTION100
2.3219-2.39020.26641380.19812627X-RAY DIFFRACTION100
2.3902-2.46730.29231170.19582663X-RAY DIFFRACTION100
2.4673-2.55550.19741420.18332644X-RAY DIFFRACTION100
2.5555-2.65780.1991150.18582650X-RAY DIFFRACTION100
2.6578-2.77870.21371330.18042680X-RAY DIFFRACTION100
2.7787-2.92510.23551560.18592631X-RAY DIFFRACTION100
2.9251-3.10830.20491500.18542667X-RAY DIFFRACTION100
3.1083-3.34820.18781300.17392668X-RAY DIFFRACTION100
3.3482-3.68490.17311510.16242655X-RAY DIFFRACTION100
3.6849-4.21750.16851550.1492690X-RAY DIFFRACTION100
4.2175-5.31120.17161440.13712722X-RAY DIFFRACTION100
5.3112-37.79050.1751660.15372802X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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