PDB-4owk: Crystal Structure of the Vibrio vulnificus Hemolysin/Cytolysin Be...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4owk

タイトル

Crystal Structure of the Vibrio vulnificus Hemolysin/Cytolysin Beta-Trefoil Lectin with N-Acetyl-D-Galactosamine Bound

要素

Cytolysin

キーワード

TOXIN / lectin / pore-forming toxin / Beta-trefoil / R-type lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / toxin activity / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kaus, K. / Olson, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Glycan Specificity of the Vibrio vulnificus Hemolysin Lectin Outlines Evolutionary History of Membrane Targeting by a Toxin Family.
著者: Kaus, K. / Lary, J.W. / Cole, J.L. / Olson, R.

履歴

登録	2014年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年10月7日	Group: Other
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2017年11月1日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / Item: _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.6	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.8	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.9	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4owk.cif.gz	529.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4owk.ent.gz	445.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4owk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4owk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4owk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4owjC 4owlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4owj-d 4owl-d 2n5e-d 4jpb-1 5uw8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cytolysin

B: Cytolysin

C: Cytolysin

D: Cytolysin

E: Cytolysin

F: Cytolysin

G: Cytolysin

ヘテロ分子

110 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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5

D: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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6

E: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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7

F: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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8

G: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.389, 79.832, 148.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.480, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Cytolysin

分子量: 15420.086 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 338-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV2_0404,vvhA / プラスミド: pNGFP-BC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: P19247

#2: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: 100 mM TRIS, pH 8.25, 6% PEG 8000, 2 mM N-acetyl-D-galactosamine: Cryoprotected in 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→100 Å / Num. obs: 83325 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Χ²: 1.773 / Net I/av σ(I): 18.459 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 491799

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	4	0.861	5960	0.601	68.5
2.07-2.15	4.5	0.723	7516	0.652	86.1
2.15-2.25	5.3	0.587	8589	0.69	98.3
2.25-2.37	6.3	0.526	8633	0.767	99
2.37-2.52	6.3	0.373	8694	0.926	99.3
2.52-2.71	6.4	0.275	8695	1.166	99.7
2.71-2.99	6.4	0.202	8721	1.666	99.7
2.99-3.42	6.4	0.144	8783	2.553	99.8
3.42-4.31	6.3	0.106	8802	3.497	99.8
4.31-100	6.3	0.093	8932	3.729	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	704x	データ削減
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→37.172 Å / FOM work R set: 0.8912 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	4166	5 %
R_work	0.1576	79132	-
obs	0.1592	83298	95.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.9 Å² / B_iso mean: 36.18 Å² / B_iso min: 10.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→37.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7081	0	294	845	8220
B_iso mean	-	-	59.67	42.93	-

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7368
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	10015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1295
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.429	2573

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0228	0.2399	82	0.2247	1787	1869	65
2.0228-2.0466	0.2521	106	0.2177	1837	1943	66
2.0466-2.0715	0.2431	121	0.1999	2026	2147	74
2.0715-2.0977	0.2451	126	0.2009	2146	2272	78
2.0977-2.1253	0.2198	121	0.1814	2356	2477	86
2.1253-2.1545	0.2355	131	0.1846	2633	2764	95
2.1545-2.1852	0.1934	142	0.1796	2686	2828	99
2.1852-2.2178	0.1961	151	0.1697	2736	2887	97
2.2178-2.2525	0.202	153	0.1672	2723	2876	100
2.2525-2.2894	0.2275	154	0.1642	2683	2837	99
2.2894-2.3289	0.206	141	0.1565	2772	2913	100
2.3289-2.3712	0.173	131	0.1543	2749	2880	99
2.3712-2.4168	0.1994	161	0.1555	2752	2913	99
2.4168-2.4662	0.1751	145	0.1578	2684	2829	100
2.4662-2.5198	0.2	148	0.1593	2803	2951	99
2.5198-2.5784	0.2184	145	0.1587	2716	2861	100
2.5784-2.6428	0.1891	135	0.1502	2818	2953	100
2.6428-2.7143	0.1962	152	0.1487	2727	2879	100
2.7143-2.7941	0.1718	151	0.1468	2762	2913	100
2.7941-2.8843	0.1945	120	0.1559	2800	2920	100
2.8843-2.9873	0.2054	150	0.1482	2734	2884	100
2.9873-3.1069	0.2224	140	0.1531	2818	2958	100
3.1069-3.2482	0.1953	144	0.1586	2784	2928	100
3.2482-3.4193	0.2294	134	0.1619	2763	2897	100
3.4193-3.6334	0.188	135	0.1602	2812	2947	100
3.6334-3.9136	0.1781	165	0.1512	2750	2915	100
3.9136-4.3069	0.1571	158	0.1283	2773	2931	100
4.3069-4.9289	0.1404	147	0.1233	2797	2944	100
4.9289-6.2053	0.1703	140	0.1538	2838	2978	100
6.2053-37.1784	0.2048	137	0.2015	2867	3004	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4747	-0.009	1.2178	2.9293	0.6449	3.7347	0.033	-0.1078	-0.1125	0.0509	0.0478	-0.0456	0.1473	-0.2083	-0.0691	0.3919	-0.0983	0.0398	0.3889	0.0118	0.1643	-43.2298	-22.7514	-20.116
2	4.844	2.6297	1.1612	2.4808	0.518	2.4873	0.1508	-0.3059	0.3532	0.362	-0.1563	0.2721	0.1076	-0.1691	0.0114	0.343	-0.0245	0.0263	0.2937	-0.0612	0.2361	-24.8023	-3.6422	-1.8084
3	3.1631	0.5987	-1.0973	2.5399	-1.3869	4.0652	-0.0291	0.0681	-0.0388	0.0429	-0.0123	-0.0231	-0.304	0.117	0.0419	0.2927	-0.0363	-0.029	0.2507	-0.0766	0.1934	-1.5291	17.0634	-11.0388
4	1.9279	0.5169	0.898	1.8804	0.6979	4.1966	-0.2204	-0.2452	0.1834	0.1123	-0.0786	-0.0942	-0.7408	0.748	0.2169	0.3686	-0.0884	-0.1026	0.3814	0.0241	0.2451	9.8221	22.9596	-40.6174
5	2.3758	0.9119	0.5077	2.0566	0.4658	2.0137	0.0372	0.03	-0.2629	0.0352	-0.0413	-0.2596	0.0163	0.0552	0.0174	0.1086	-0.0186	-0.0032	0.1064	0.032	0.2562	-0.0083	9.6277	-68.6605
6	3.1023	1.0668	-0.5993	3.2331	-0.0042	1.49	-0.0674	0.075	-0.0159	-0.0706	0.0521	0.0399	0.0636	-0.018	0.0216	0.0853	0.007	0.0015	0.1018	0.0211	0.1484	-24.2593	-10.8327	-73.6405
7	2.5584	0.4665	0.0207	2.144	-0.1434	3.2879	0.1943	-0.2654	-0.0959	0.2879	-0.2078	0.0956	0.2506	-0.2828	-0.0074	0.197	-0.0497	0.0255	0.1816	0.0049	0.1512	-43.6821	-25.1268	-52.3895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	337 - 502
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	337 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	337 - 502
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	337 - 502
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	336 - 502
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	336 - 502
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	337 - 502

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