PDB-4owj: Crystal Structure of the Vibrio vulnificus Hemolysin/Cytolysin Be...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4owj

タイトル

Crystal Structure of the Vibrio vulnificus Hemolysin/Cytolysin Beta-Trefoil Lectin

要素

Cytolysin

キーワード

TOXIN / lectin / pore-forming toxin / Beta-trefoil / R-type lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / toxin activity / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kaus, K. / Olson, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Glycan Specificity of the Vibrio vulnificus Hemolysin Lectin Outlines Evolutionary History of Membrane Targeting by a Toxin Family.
著者: Kaus, K. / Lary, J.W. / Cole, J.L. / Olson, R.

履歴

登録	2014年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年10月7日	Group: Other
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2017年11月1日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / Item: _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.6	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.8	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4owj.cif.gz	526.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4owj.ent.gz	443.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4owj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4owj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4owj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4owkC 4owlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4owk-d 4owl-d 2n5e-d 4jpb-1 5uw8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cytolysin

B: Cytolysin

C: Cytolysin

D: Cytolysin

E: Cytolysin

F: Cytolysin

G: Cytolysin

ヘテロ分子

109 kDa, 7 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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4

C: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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5

D: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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6

E: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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7

F: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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8

G: Cytolysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.833, 118.214, 149.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Domain exists in a monomer-heptamer equilibrium in solution. Similar to related pore-forming toxins, full-length toxin likely exists as a monomer until assembling on the cell membrane.

#1: タンパク質	Cytolysin 分子量: 15420.086 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 338-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV2_0404,vvhA / プラスミド: pNGFP-BC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: P19247
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: 100 mM TRIS, pH 8.25, 6% PEG 8000; Cryoprotected in 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 91312 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.175 / Χ²: 1.786 / Net I/av σ(I): 17.292 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 756224

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	8.1	0.69	8999	0.627	100
2.07-2.15	8.7	0.561	9033	0.68	100
2.15-2.25	8.5	0.459	9004	0.776	100
2.25-2.37	8.6	0.381	9089	0.877	100
2.37-2.52	8.9	0.299	9047	1.121	100
2.52-2.71	8.5	0.249	9084	1.451	100
2.71-2.99	8.5	0.204	9109	2.013	100
2.99-3.42	8.2	0.156	9168	2.894	100
3.42-4.31	7.7	0.117	9208	3.794	99.9
4.31-50	7.2	0.106	9571	4.132	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	704x	データ削減
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX	1.8.4-1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→38.07 Å / FOM work R set: 0.852 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	4566	5.01 %
R_work	0.1663	86630	-
obs	0.1681	91196	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.86 Å² / B_iso mean: 36.54 Å² / B_iso min: 19.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→38.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7023	0	196	915	8134
B_iso mean	-	-	59.66	42.75	-

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7241
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	9815
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.287	2521

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9999-2.0227	0.2226	148	0.2019	2802	2950	99
2.0227-2.0465	0.2786	168	0.1985	2895	3063	100
2.0465-2.0714	0.2522	141	0.1943	2828	2969	100
2.0714-2.0976	0.2449	142	0.1881	2856	2998	100
2.0976-2.1252	0.2313	164	0.1848	2835	2999	100
2.1252-2.1543	0.2061	122	0.1762	2912	3034	100
2.1543-2.1851	0.2222	146	0.1801	2844	2990	100
2.1851-2.2177	0.2257	137	0.1768	2858	2995	100
2.2177-2.2524	0.2108	163	0.1776	2851	3014	100
2.2524-2.2893	0.2188	141	0.1724	2880	3021	100
2.2893-2.3288	0.2348	160	0.1742	2850	3010	100
2.3288-2.3711	0.2385	148	0.1677	2900	3048	100
2.3711-2.4167	0.2024	167	0.1648	2817	2984	100
2.4167-2.466	0.215	142	0.1629	2910	3052	100
2.466-2.5196	0.2208	157	0.1625	2850	3007	100
2.5196-2.5782	0.1938	163	0.1576	2838	3001	100
2.5782-2.6427	0.2056	164	0.1587	2861	3025	100
2.6427-2.7141	0.2151	167	0.1588	2886	3053	100
2.7141-2.794	0.2066	136	0.1588	2890	3026	100
2.794-2.8841	0.212	141	0.1666	2904	3045	100
2.8841-2.9872	0.208	160	0.1608	2872	3032	100
2.9872-3.1067	0.1724	149	0.1637	2899	3048	100
3.1067-3.2481	0.1882	145	0.1657	2899	3044	100
3.2481-3.4192	0.2034	146	0.1696	2918	3064	100
3.4192-3.6333	0.2005	157	0.1762	2902	3059	100
3.6333-3.9135	0.2084	161	0.1666	2899	3060	100
3.9135-4.3069	0.1561	135	0.1423	2948	3083	100
4.3069-4.9289	0.1676	165	0.1374	2950	3115	100
4.9289-6.2056	0.1611	152	0.1626	2995	3147	100
6.2056-38.0767	0.2291	179	0.1983	3081	3260	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1797	0.925	-0.9173	5.5024	-0.3968	2.3264	-0.2088	0.0827	-0.0826	-0.4176	0.1291	-0.3292	0.3392	0.181	0.0537	0.2589	0.0311	0.0391	0.2006	0.0078	0.1904	79.531	133.5266	113.007
2	1.3718	0.0819	-0.113	1.5864	-0.2849	3.6699	-0.0101	-0.0304	-0.0135	0.0796	-0.0115	-0.1183	0.3823	0.2993	-0.0067	0.3885	0.1023	0.0654	0.2299	0.0046	0.2165	77.3514	107.2678	131.6386
3	1.5552	-0.1712	-0.2032	2.6002	2.1384	5.9735	0.0124	0.0901	-0.1173	-0.0493	-0.154	0.0247	0.6673	0.2035	0.1253	0.4091	0.09	0.0398	0.2564	0.0079	0.2112	77.805	106.0038	163.6933
4	1.0519	0.9374	-0.2693	8.5584	2.2264	3.6189	0.0611	-0.1362	0.0073	0.8122	-0.1229	-0.0343	0.2512	0.2082	0.0743	0.2261	-0.0133	0.0003	0.2453	0.022	0.2302	81.1305	129.9437	185.1717
5	1.8855	0.4885	-0.182	5.3952	-1.899	2.6551	0.0595	-0.115	-0.0685	0.4354	-0.1161	-0.0548	-0.1724	-0.0835	0.0587	0.2393	-0.0188	0.0119	0.225	-0.0381	0.1924	82.7034	161.5943	179.8036
6	1.3615	0.557	0.4012	1.4958	0.0437	4.4678	-0.1088	0.0205	0.0679	-0.0632	0.0333	0.066	-0.3926	-0.0912	0.075	0.2937	0.0194	-0.0594	0.2347	-0.0192	0.2406	83.353	176.9585	151.4581
7	1.2269	-0.3126	-0.0469	4.202	1.8921	4.1271	-0.0405	0.0035	0.0599	0.0558	0.1804	-0.3847	-0.0621	0.2893	-0.0867	0.1867	-0.0498	-0.013	0.2344	0.0062	0.2085	82.6212	164.2996	121.8471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	337 - 502
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	337 - 467
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	337 - 467
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	337 - 467
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	337 - 467
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	337 - 468
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	337 - 467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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