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万見
- PDB-4ovo: REFINED X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE REACTIVE SITE MODIFIED OV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ovo
タイトルREFINED X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE REACTIVE SITE MODIFIED OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAINS FROM SILVER PHEASANT (OMSVP3(ASTERISK)) AND FROM JAPANESE QUAIL (OMJPQ3(ASTERISK))
要素OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI
キーワードPROTEINASE INHIBITOR (KAZAL)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lophura nycthemera (ハッカン)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Musil, D. / Bode, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined X-ray crystal structures of the reactive site modified ovomucoid inhibitor third domains from silver pheasant (OMSVP3*) and from Japanese quail (OMJPQ3*).
著者: Musil, D. / Bode, W. / Huber, R. / Laskowski Jr., M. / Lin, T.Y. / Ardelt, W.
履歴
登録1991年5月13日処理サイト: BNL
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0451
ポリマ－6,0451
非ポリマー00
水45025
1
A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI

A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0902
ポリマ－12,0902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
2
A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI

A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI

A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI

A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1794
ポリマ－24,1794
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.600, 56.600, 76.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 12 IS A CIS PROLINE.
2: THE PEPTIDE BOND BETWEEN MET 18 AND GLU 19 HAS BEEN HYDROLYZED.

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要素

#1: タンパク質 OVOMUCOID THIRD DOMAIN CLEAVED RDI


分子量: 6044.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lophura nycthemera (ハッカン) / 参照: UniProt: P67954
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PEPTIDE BOND BETWEEN MET 18 AND GLU 19 HAS BEEN HYDROLYZED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.45 Mammonium sulfate1reservoir
215 mg/mlprotein1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 1947 / % possible obs: 82 % / Num. measured all: 5813 / Rmerge(I) obs: 0.0937

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.185 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数418 0 0 25 443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.32
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 1741 / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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