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- PDB-4ovd: Crystal structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ovd
タイトルCrystal structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum DSM 20469
要素Peptidoglycan glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / D / D-transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / glycosyltransferase activity / penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily ...Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Atopobium parvulum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum DSM 20469
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5212
ポリマ－61,4811
非ポリマー401
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子

A: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0424
ポリマ－122,9622
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.680, 45.510, 71.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-745-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan glycosyltransferase / D / D-transpeptidase


分子量: 61480.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atopobium parvulum (バクテリア) / 株: DSM 20469 / 遺伝子: Apar_0480 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: C8W9X3, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M HEPES, 20% PEG6000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月21日 / 詳細: 3.0 Undulator
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.17 Å / Num. all: 32538 / Num. obs: 32538 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.579 / SU ML: 0.128 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23269 1646 5.1 %RANDOM
Rwork0.17947 ---
obs0.18223 30883 98.94 %-
all-30883 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.36 Å20 Å21.86 Å2
2--3.7 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 1 156 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1071.9624377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90836928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5015418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19725.342146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.56615482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6281514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0653.0571684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0613.0551683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0574.5492098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0564.5522099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9573.7061547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9563.7081548
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3335.3332280
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.06614.6463764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.05314.5763734
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 121 -
Rwork0.249 2225 -
obs--97.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.749-2.30670.67730.78120.0720.3063-0.0433-0.17920.4843-0.1580.1323-0.17180.0429-0.1216-0.0890.1671-0.1201-0.0040.22020.04240.067-13.27228.1839-3.7245
23.35830.2746-1.58170.0286-0.14811.45490.0607-0.65340.24890.0158-0.02420.0113-0.01330.0383-0.03660.1465-0.0047-0.03120.2957-0.070.14349.667513.2856-13.176
33.34410.0037-0.69150.23310.14720.41640.04070.11260.1133-0.0455-0.0410.0168-0.0226-0.07170.00030.10090.0015-0.06610.01980.01910.096329.50048.5654-37.1996
43.0867-0.0597-0.59320.49790.04780.5743-0.0334-0.1653-0.09910.0134-0.03350.01520.03180.00080.0670.1085-0.0008-0.0590.03020.03270.103429.79086.1874-31.5477
52.7005-0.1888-0.06421.6977-0.72666.36020.0882-0.71150.5929-0.0029-0.03890.0530.21970.062-0.04930.056-0.0308-0.0060.1935-0.15680.150332.400818.623-18.4346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A61 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3A280 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4A345 - 545
5X-RAY DIFFRACTION5A546 - 571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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