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- PDB-3qac: Structure of amaranth 11S proglobulin seed storage protein from A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qac
タイトルStructure of amaranth 11S proglobulin seed storage protein from Amaranthus hypochondriacus L.
要素11S globulin seed storage protein
キーワードPLANT PROTEIN / 11S seed storage protein (globulins) family / seed storage protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold ...11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
11S globulin seed storage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Amaranthus hypochondriacus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.275 Å
データ登録者Tandang-Silvas, M.R. / Carrazco-Pena, L. / Barba de la Rosa, A.P. / Osuna-Castro, J.A. / Utsumi, S. / Mikami, B. / Maruyama, N.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of amaranth 11S proglobulin, a major seed storage protein from Amaranthus hypochondriacus L.
著者: Tandang-Silvas, M.R. / Carrazco-Pena, L. / Barba de la Rosa, A.P. / Osuna-Castro, J.A. / Utsumi, S. / Mikami, B. / Maruyama, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Expression, purification and preliminary crystallization of amaranth 11S proglobulin seed storage protein from Amaranthus hypochondriacus L.
著者: Tandang-Silvas, M.R. / Carrazco-Pena, L. / Barba de la Rosa, A.P. / Osuna-Castro, J.A. / Utsumi, S. / Mikami, B. / Maruyama, N.
履歴
登録2011年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11S globulin seed storage protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7221
ポリマ－52,7221
非ポリマー00
水1,802100
1
A: 11S globulin seed storage protein

A: 11S globulin seed storage protein

A: 11S globulin seed storage protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1663
ポリマ－158,1663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area15210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area37300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.077, 94.077, 74.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

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要素

#1: タンパク質 11S globulin seed storage protein


分子量: 52721.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amaranthus hypochondriacus (植物) / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3) / 参照: UniProt: Q38712
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 16% PEG3350, 200mM ammonium formate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.275→50 Å / Num. all: 17239 / Num. obs: 17067 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / Num. unique all: 860 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E9Q

2e9q


解像度: 2.275→28.468 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7811 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 864 5.07 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
obs0.1906 17027 98.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.331 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.18 Å2 / Biso mean: 49.2937 Å2 / Biso min: 25.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5351 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.5351 Å2-0 Å2
3----13.0702 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.275→28.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 0 100 3027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2164035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4341096
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2753-2.41780.31371310.24682588271994
2.4178-2.60430.33781440.24762710285499
2.6043-2.86620.35181500.22832701285199
2.8662-3.28040.25821480.19782687283598
3.2804-4.1310.20211540.15642719287399
4.131-28.47030.21751370.16992758289598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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