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- PDB-4ouc: Structure of human haspin in complex with histone H3 substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ouc
タイトルStructure of human haspin in complex with histone H3 substrate
要素
  • Histone H3.2
  • Serine/threonine-protein kinase haspin
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / histone / kinase substrate complex / Chromatin regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Chromatin modifying enzymes / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation ...histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Chromatin modifying enzymes / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / spindle / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / mitotic cell cycle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromosome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / Amyloid fiber formation / protein serine kinase activity / centrosome / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold ...Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / IODIDE ION / Histone H3.2 / Serine/threonine-protein kinase haspin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2014
タイトル: Modulation of the chromatin phosphoproteome by the haspin protein kinase.
著者: Maiolica, A. / de Medina-Redondo, M. / Schoof, E.M. / Chaikuad, A. / Villa, F. / Gatti, M. / Jeganathan, S. / Lou, H.J. / Novy, K. / Hauri, S. / Toprak, U.H. / Herzog, F. / Meraldi, P. / ...著者: Maiolica, A. / de Medina-Redondo, M. / Schoof, E.M. / Chaikuad, A. / Villa, F. / Gatti, M. / Jeganathan, S. / Lou, H.J. / Novy, K. / Hauri, S. / Toprak, U.H. / Herzog, F. / Meraldi, P. / Penengo, L. / Turk, B.E. / Knapp, S. / Linding, R. / Aebersold, R.
履歴
登録2014年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase haspin
B: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,04111
ポリマ－42,1262
非ポリマー9149
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area15220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.540, 79.130, 100.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase haspin / Germ cell-specific gene 2 protein / H-haspin / Haploid germ cell-specific nuclear protein kinase


分子量: 40711.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 465-798 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSG2 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-R3-pRARE2
参照: UniProt: Q8TF76, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.2 / Histone H3/m / Histone H3/o


分子量: 1414.610 Da / 分子数: 1 / 断片: histone H3 tail, UNP residues 2-13 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71DI3

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非ポリマー , 5種, 428分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4
#6: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月23日
放射モノクロメーター: Flat graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.59 Å / Num. all: 32592 / Num. obs: 32539 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4675 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3IQ7

3iq7


解像度: 1.9→31.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.185 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21075 1647 5.1 %RANDOM
Rwork0.16393 ---
obs0.16628 30891 99.83 %-
all-32539 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å2-0 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2685 0 46 419 3150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9823859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8043.0026322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6155350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98324.375128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06915520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.841514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0721.4731358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0721.4721357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5912.2011698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.592.2031699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.742.6891502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7392.6881503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7192.4572154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.49614.5333623
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.50614.5333612
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free47.94351
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded22.93951
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 131 -
Rwork0.283 2237 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2376-0.52031.17682.6615-0.19213.1697-0.01480.1931-0.0685-0.239-0.01270.11580.08850.06880.02750.0352-0.0186-0.00840.04950.00210.042934.391534.25328.3415
21.28340.5370.58810.93440.50721.070.01280.0566-0.0512-0.05230.0277-0.02550.01010.0505-0.04040.01090.00450.0090.00550.00370.02144.433540.540317.4319
33.27240.0749-0.66841.65431.41575.511-0.0960.45180.227-0.36490.0760.0328-0.34180.06850.020.1219-0.0458-0.02230.07560.04180.045850.366455.8811.4298
43.37940.4786-2.56210.5426-0.35084.27250.1025-0.21380.11970.1824-0.01040.0099-0.23020.129-0.09210.07590.002-0.00350.0162-0.01430.055552.145456.212932.9894
511.0566.2521-11.20347.98970.210120.98030.22061.05061.1604-0.4060.17531.2241-1.1059-1.6115-0.3960.21630.0341-0.06160.19020.06640.311535.402553.977910.795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A470 - 530
2X-RAY DIFFRACTION2A531 - 694
3X-RAY DIFFRACTION3A695 - 754
4X-RAY DIFFRACTION4A755 - 798
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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