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- PDB-4ou9: Crystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ou9
タイトルCrystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of Triton X-100
要素Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / monotopic membrane protein / non-heme iron / metalloenzyme / 4-His iron center / beta propeller / carotenoid oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sui, X. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Analysis of Carotenoid Isomerase Activity in a Prototypical Carotenoid Cleavage Enzyme, Apocarotenoid Oxygenase (ACO).
著者: Sui, X. / Kiser, P.D. / Che, T. / Carey, P.R. / Golczak, M. / Shi, W. / von Lintig, J. / Palczewski, K.
履歴
登録2014年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,67110
ポリマ－217,3774
非ポリマー2946
水15,763875
1
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4353
ポリマ－54,3441
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4353
ポリマ－54,3441
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4002
ポリマ－54,3441
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4002
ポリマ－54,3441
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.470, 125.390, 202.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Apocarotenoid-15,15'-oxygenase / ACO / 8'-apo-beta-carotenal 15 / 15'-oxygenase / Diox1


分子量: 54344.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: Diox1, sll1541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, NH4Cl, Triton X-100, BTP, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月10日
放射モノクロメーター: Silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 203162 / Num. obs: 200469 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 8.364 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20467 9860 4.9 %RANDOM
Rwork0.17717 ---
obs0.17849 190607 98.67 %-
all-203162 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.56 Å2-0 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15098 0 6 875 15979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01915616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.95421287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.746333471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58551932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04823.836743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.048152401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3841593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6912.6057707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6912.6057706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5543.8969637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5543.8979638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2222.8927909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2222.8927909
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5734.22611647
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.24221.37717440
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.22921.34717375
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 742 -
Rwork0.29 14104 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27950.3031-0.32311.5175-0.39111.73580.07780.04260.0131-0.1642-0.0874-0.08050.0451-0.09230.00960.20810.04070.02270.02140.00940.006324.46891.141992.0547
21.4372-0.199-0.60261.40240.49761.6491-0.11650.0826-0.0190.07720.06730.0830.0777-0.03990.04920.2165-0.02830.02670.0194-0.00190.008331.13094.854341.3926
31.2288-0.5858-0.25341.45680.23861.7023-0.0344-0.0288-0.16090.034-0.05070.19840.0967-0.14590.08510.18640.01890.01110.0344-0.00090.094444.0392-44.082885.5048
41.87310.8153-0.03061.490.01881.329-0.12360.12090.2057-0.12970.14540.1879-0.1647-0.0204-0.02180.2731-0.0605-0.01010.02680.02830.0937-12.9716-17.584435.2633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 848
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 824
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 809
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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