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- PDB-4ou8: Crystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of C8E6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ou8
タイトルCrystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of C8E6
要素Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / monotopic membrane protein / non-heme iron / metalloenzyme / 4-His iron center / beta propeller / carotenoid oxygenase
機能・相同性all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui, X. / Shi, W. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Analysis of Carotenoid Isomerase Activity in a Prototypical Carotenoid Cleavage Enzyme, Apocarotenoid Oxygenase (ACO).
著者: Sui, X. / Kiser, P.D. / Che, T. / Carey, P.R. / Golczak, M. / Shi, W. / von Lintig, J. / Palczewski, K.
履歴
登録2014年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,70711
ポリマ－217,3774
非ポリマー3307
水1,56787
1
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4353
ポリマ－54,3441
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4714
ポリマ－54,3441
非ポリマー1273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4002
ポリマ－54,3441
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4002
ポリマ－54,3441
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.561, 125.122, 203.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 490 / Label seq-ID: 12 - 490

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Apocarotenoid-15,15'-oxygenase / ACO / 8'-apo-beta-carotenal 15 / 15'-oxygenase / Diox1


分子量: 54344.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: diox1, sll1541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, BTP, NH4Cl, C8E6 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.7308 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月26日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7308 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 75329 / Num. obs: 75053 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BIW

2biw


解像度: 2.8→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 35.157 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.711 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23554 3609 4.8 %RANDOM
Rwork0.21103 ---
obs0.21219 71479 99.68 %-
all-75329 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15072 0 7 87 15166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01915524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0214436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.95421148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988333252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39251912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79823.838740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.446152384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3221592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.22232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02117848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2392.1477660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2392.1477659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1093.2199568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1093.2199569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3232.2557864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3232.2557864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2343.33111580
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.66717.00316353
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.66717.00316353
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A293510.05
12B293510.05
21A290840.06
22C290840.06
31A292880.05
32D292880.05
41B291160.05
42C291160.05
51B293040.05
52D293040.05
61C293140.04
62D293140.04
LS精密化 シェル解像度: 2.796→2.869 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 276 -
Rwork0.399 4996 -
obs--96.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52690.3839-0.59552.1483-0.51422.4420.0793-0.01070.0083-0.2036-0.1405-0.08890.0828-0.10160.06120.28260.07190.03540.13390.02230.009124.38621.333492.2185
21.8256-0.2885-0.49661.70530.67742.1205-0.15930.0981-0.00470.0780.04860.11880.0947-0.09830.11080.3047-0.0520.04580.1199-0.01850.018331.26944.952841.5382
31.8647-0.844-0.38992.23070.50622.2324-0.0424-0.01-0.24330.0548-0.07740.37770.1334-0.22330.11980.25530.03320.02310.15390.01710.157843.8385-44.091185.72
42.71751.31530.06182.31540.05151.8491-0.23860.16050.4305-0.21930.22610.367-0.2335-0.02630.01250.3993-0.0807-0.04750.09570.03850.1721-13.2028-17.337535.3838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 632
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 622
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 620
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 613

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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