[日本語] English
万見
- PDB-4ou6: Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex form 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ou6
タイトルCrystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex form 1
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Primosomal protein 1
キーワードREPLICATION/DNA / DNA binding / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / protein homotrimerization / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal protein 1 / DnaT, DNA-binding domain / DnaT DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Primosomal protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Liu, Z. / Chen, P. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex reveals a novel single-stranded DNA binding mode.
著者: Liu, Z. / Chen, P. / Wang, X. / Cai, G. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2014年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Primosomal protein 1
B: Primosomal protein 1
C: Primosomal protein 1
D: Primosomal protein 1
E: Primosomal protein 1
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0316
ポリマ－46,0316
非ポリマー00
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.144, 47.416, 54.135
Angle α, β, γ (deg.)88.34, 86.25, 71.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA84 - 1531 - 70
21ALAALABB84 - 1531 - 70
12ARGARGAA84 - 1521 - 69
22ARGARGCC84 - 1521 - 69
13ALAALAAA84 - 1531 - 70
23ALAALADD84 - 1531 - 70
14ALAALAAA84 - 1531 - 70
24ALAALAEE84 - 1531 - 70
15ARGARGBB84 - 1521 - 69
25ARGARGCC84 - 1521 - 69
16SERSERBB84 - 1541 - 71
26SERSERDD84 - 1541 - 71
17SERSERBB84 - 1541 - 71
27SERSEREE84 - 1541 - 71
18ARGARGCC84 - 1521 - 69
28ARGARGDD84 - 1521 - 69
19ARGARGCC84 - 1521 - 69
29ARGARGEE84 - 1521 - 69
110SERSERDD84 - 1541 - 71
210SERSEREE84 - 1541 - 71

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Primosomal protein 1 / Primosomal protein I


分子量: 8606.826 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 84-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaT, b4362, JW4326 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8J2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2996.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→27.54 Å / Num. obs: 30764

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→27.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.458 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22846 1559 5.1 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.19056 29206 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.747 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-1.65 Å21.05 Å2
2--1.97 Å2-1.62 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→27.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 200 0 257 3372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.8624432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25636760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8565354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.1423.151146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08815467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2891520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4883.7871431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4843.7841430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.695.651780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.695.6541781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0594.6211799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0564.6171798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8056.8662653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.43834.9884075
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.23634.6383962
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A37590.12
12B37590.12
21A37310.12
22C37310.12
31A35940.14
32D35940.14
41A36860.14
42E36860.14
51B37850.1
52C37850.1
61B38060.11
62D38060.11
71B38820.1
72E38820.1
81C36580.12
82D36580.12
91C37650.1
92E37650.1
101D37820.11
102E37820.11
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 109 -
Rwork0.214 2051 -
obs--92.27 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る