PDB-4ou7: Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex reveals a nove...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ou7

タイトル

Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex reveals a novel single-stranded DNA binding mode

要素

DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
Primosomal protein 1

キーワード

REPLICATION/DNA / DNA binding / REPLICATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / protein homotrimerization / replication fork processing / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Liu, Z. / Chen, P. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex reveals a novel single-stranded DNA binding mode.
著者: Liu, Z. / Chen, P. / Wang, X. / Cai, G. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.

履歴

登録	2014年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ou7.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ou7.ent.gz	65.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ou7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/4ou7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/4ou7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ou6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ou6-d 4y00-d 2qt5-d 6vrp-d 5a38-d 3elz-d 5gs3-d 6iom-d 2eir-d 4mjf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Primosomal protein 1

B: Primosomal protein 1

C: Primosomal protein 1

D: Primosomal protein 1

E: Primosomal protein 1

S: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

43.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.408, 46.689, 54.392
Angle α, β, γ (deg.)	87.33, 86.01, 70.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	84 - 154	1 - 71
2	1	SER	SER	B	B	84 - 154	1 - 71
1	2	ARG	ARG	A	A	84 - 152	1 - 69
2	2	ARG	ARG	C	C	84 - 152	1 - 69
1	3	SER	SER	A	A	84 - 154	1 - 71
2	3	SER	SER	D	D	84 - 154	1 - 71
1	4	SER	SER	A	A	84 - 154	1 - 71
2	4	SER	SER	E	E	84 - 154	1 - 71
1	5	ARG	ARG	B	B	84 - 152	1 - 69
2	5	ARG	ARG	C	C	84 - 152	1 - 69
1	6	SER	SER	B	B	84 - 154	1 - 71
2	6	SER	SER	D	D	84 - 154	1 - 71
1	7	SER	SER	B	B	84 - 154	1 - 71
2	7	SER	SER	E	E	84 - 154	1 - 71
1	8	ARG	ARG	C	C	84 - 152	1 - 69
2	8	ARG	ARG	D	D	84 - 152	1 - 69
1	9	ARG	ARG	C	C	84 - 152	1 - 69
2	9	ARG	ARG	E	E	84 - 152	1 - 69
1	10	SER	SER	D	D	84 - 154	1 - 71
2	10	SER	SER	E	E	84 - 154	1 - 71

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Primosomal protein 1 / Primosomal protein I 分子量: 8168.346 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 84-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaT, b4362, JW4326 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8J2
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') 分子量: 2996.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.54 Å
検出器	検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→38.02 Å / Num. obs: 9917

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→38.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23827	475	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18349	-	-	-
obs	0.18611	9443	96.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.66 Å²	-2.98 Å²	0.51 Å²
2-	-	1.18 Å²	-2.16 Å²
3-	-	-	-4.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→38.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2884	200	0	0	3084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.859	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.449	3	6690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.185	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.676	23.103	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.574	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.149	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.905	6.74	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.902	6.736	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.008	10.094	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.719	10.14	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.423	7.668	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.076	7.471	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.714	11.102	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.821	57.532	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.819	57.521	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3540	0.13
1	2	B	3540	0.13
2	1	A	3468	0.15
2	2	C	3468	0.15
3	1	A	3487	0.16
3	2	D	3487	0.16
4	1	A	3469	0.16
4	2	E	3469	0.16
5	1	B	3735	0.1
5	2	C	3735	0.1
6	1	B	3757	0.1
6	2	D	3757	0.1
7	1	B	3793	0.12
7	2	E	3793	0.12
8	1	C	3678	0.1
8	2	D	3678	0.1
9	1	C	3659	0.12
9	2	E	3659	0.12
10	1	D	3740	0.12
10	2	E	3740	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.825→2.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	28	-
R_work	0.238	669	-
obs	-	-	91.47 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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